MySQLの低速クエリとEXPLAINが奇妙な回答を返しました

Question

私は2つのテーブルに参加しています。 テーブルunique_nucleosome_reには、約60万レコードがあります。 別のテーブルには20,000レコードがあります。 WHERE句の条件に、 によってEXPLAINの回答が異なり、奇妙なことがパフォーマンスです。 の場合n.chromosome = 'X' 約3分かかりました。 の場合n.chromosome = '2L' それは30分以上かかって接続が終了しました。

SELECT n.name , t.transcript_start , n.start 
FROM unique_nucleosome_re AS n 
INNER JOIN tss_tata_range AS t 
ON t.chromosome = n.chromosome 
WHERE (t.transcript_start > n.end AND t.ts_minus_250 < n.start) 
     AND n.chromosome = 'X'  
ORDER BY t.transcript_start 
; 

これはEXPLAINの回答です。 WHEREがn.chromosomeある場合= 'X'

'1', 'SIMPLE', 'n', 'ALL', 'start_idx,end_idx,chromo_start', NULL, NULL, NULL, '606096', '48.42', 'Using where; Using join buffer' 

WHEREがn.chromosome = '2L'

'1', 'SIMPLE', 'n', 'ref', 'start_idx,end_idx,chromo_start', 'chromo_start', '17', 'const', '68109', '100.00', 'Using where' 

ときXまたは2Lのレコードの数がほぼ同じです。 私は最後のカップルの日を過ごしましたが、私はそれを理解できませんでした。それは私が見ることができない、またはバグかもしれない簡単な間違いかもしれません。 私を助けることができますか？

Answer 1

最初に、インデックス情報を見ることなく、私は染色体キーとtranscript_start（但し、染色体キーの最小値）のTSS_TData_Rangeにインデックスを持ちます。私はあなたのunique_nucleosome_reテーブルに染色体上のインデックスがあると仮定します。その後、私が、性能に興味があると思いTSSは、あなたのSHORTテーブルですので、私は、クエリの最初の位置にTHATを移動し、「STRAIGHT_JOIN」句の使用を呼び出します...

SELECT STRAIGHT_JOIN 
     n.name, 
     t.transcript_start, 
     n.start 
    FROM 
     tss_tdata_range t, 
     unique_nucleosome_re n 
    where 
      t.chromosome = 'X' 
     and t.chromosome = n.chromosome 
     and t.transcript_start > n.end 
     and t.ts_minus_250 < n.start 
    order by 
     t.transcript_start 

表示されますもしあなたがうまくいくのであれば...