Pythonで.strip（）を使って文字を取り除くことはできません

Question

私は生物学者であり、いくつかのファイルを処理するためのクイックスクリプトを作成する必要があります。

ファイル形式は、FASTAある：

>line1 
ACCGAGCTACTAGXXXXX 
>line2 
ACGTAX 

エトセトラ。

私はすべてのXの文字を削除し、すぐにこのスクリプトtoghether載せていきたいと思います：

print """Input file must be named FILE.fasta""" 
fasta_file = raw_input('Input file name:') # Input fasta file 
char = raw_input('Which sequence should be stripped?:') 
OutFileName = fasta_file.strip('.fasta') + '_stripped.fasta' 
OutFile = open(OutFileName, 'w') 
WriteOutFile = True 
data = open(fasta_file, "r") 
for line in data: 
    if line.startswith('>'): 
     OutPut = line 
    else: 
     OutPut = line.strip(char) 
     print OutPut 
    OutFile.write(OutPut) 
print(char) 
OutFile.close() 
quit() 

それが機能しないと、私はその理由を把握することはできません。どんな助け？

P.S.ひどいコードを申し訳ありません。あなたが「他」のセクションに似た何かを行うことができますあなたのケースのために

import re 
pattern = re.compile("(\w[^X]+)") # This groups everything but X 
stripped = pattern.match(line).group() 

：

Answer 1

他の回答より優れた選択肢が指定されました。しかし、あなたのケースでは、[Python]: string.strip(s[, chars])はファイルの各行がEOLNターミネータで終わるので機能しませんでした。Xは実際には文字列の最後にありません。を用心

char = raw_input('Which sequence should be stripped?:') + "\n" 

：ラインfasta_file.strip('.fasta')は何をしていない可能性があるに

char = raw_input('Which sequence should be stripped?:') 

：コードの変更の最小値を必要と

オプションは、3 ^RDラインを変更することですあなたはそれがそうだと思います。ここでは、使用することを推奨されます：

fasta_file.replace('.fasta', '_stripped.fasta') 

EDIT0：

私は、出力ファイルに書き込むときにもする必要があるので、あなたが、EOLNバックを追加する必要があると思いますで

OutPut = line.strip(char) 

：

この行を置き換えます

Answer 2

使用line.replace(char,'')代わりline.strip(char) ストリップ機能は、あなたがこの使用して正規表現を行うことができる唯一の側面https://docs.python.org/2/library/string.html#string.strip

Answer 3

から文字を削除しますあなたのコードを置き換えて、あなたの 'char'変数で '（\ w [^ X] +）'の 'X'を置き換えます。

pattern = re.compile("(\w[^" + char + "]+)")