2012-04-21 18 views
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自分でrパッケージを作るのが大変です。私はhow to develop package for laymanのstackoverflowの前の質問の指示に従った。ここでは、前の質問に従った手順を示します。新鮮RセッションでWindows/LinuxでMac用のパッケージを作成する

  1. ランRコード

    # random DNA function 
    randDNA = function(n){ 
    paste(sample(c("A", "C", "T", "G"), n, replace = TRUE), collapse = "") 
    } 
    # DNA to RNA function 
    dna2rna <- function(inputStr) { 
        if (!is.character(inputStr)) 
        stop("need character input") 
        is = toupper(inputStr) 
        chartr("T", "U", is) 
    } 
    
    # complementary sequence function 
    compSeq <- function(inputStr){ 
    chartr("ACTG", "TGAC", inputStr) 
    } 
    
    # example data 
    dnaseq1 <- c("ATTGTATCTGGGTATTTCCCTTAATTGGGGCCTTT") 
    dnaseq2 <- c("TGGGGTAAACCCGGTTTAAAATATATATATTTTT") 
    myseqdata <- data.frame(dnaseq1, dnaseq2) 
    save(myseqdata, file = "myseqdata.RData") 
    
  2. Rtoolsは、Rパッケージutils

  3. PefromにR

    require(utils) 
    package.skeleton(list = c("randDNA","dna2rna", "compSeq", "myseqdata"), 
    name = "dnatool",environment = .GlobalEnv, path = "c:", force = FALSE) 
    
  4. 編集システム環境で、次のタスクをインストールしますWindows 7の

    C:\Rtools\bin;C:\Rtools\perl\bin;C:\Rtools\MinGW\bin; 
    C:\Program Files\R\R-2.14.2\bin\x64; 
    

    に次の変数のパス(パスが正しく設定されているかどうかを確認するには、コマンドラインで>pathを入力します。

  5. コピーステップでフォルダdnatool(3)とrpackageという名前の新しいフォルダに入れて、今(DOSで)このフォルダにディレクトリを変更

    c: \ repackage> R CMD build dnatool 
    c: \ repackage> Rcmd build dnatool 
    

    編集:私はいつかdnatool.zip取得していますが、他の回は、コマンドライン(DOS)

    c: \ repackage> R CMD check dnatool 
    
0でパッケージをチェック

  • をdnatool.tar.gx

    Windowsで「dnatool.zip」としてパッケージ化できました。

    どのようにしてMACまたはUnixソースをコンパイルできますか?どのようなステップが異なりますか?

    Unix source:  dnatool.tar.gz 
    Mac OS X binary: dnatool.tgz 
    

    私はMacコンピュータが必要ですか?私はLinuxのバーチャルボックスを持っていて、そこにubuntuをインストールしましたか?

    編集:

    私がステップ(3)フォルダdnatoolからsourcodeバイナリを取得するには、次のcommadを使用する必要がありますか?

    $ tar -zcvf dnatool.tar.gz/home/dnatool 
    
  • 答えて

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    R CMD buildを使用して作成したパッケージは、他のOSタイプにインストールすることができます。あなたのパッケージにR(cまたはC++)以外のソースコードが含まれていてもそうです。バイナリディストリビューションを作成した場合(r cmdビルドコールに--binaryを追加すると思います)、パッケージはプラットフォーム固有のものになります。パッケージをビルドするために必要なツールは、linuxやmacの下にインストールされていることが多いです。したがって、ソース配布を作成する場合は、すべての主要配布の下で動作するはずです。 Macバイナリを作成するには、Macを使用するか、クロスコンパイラ環境を作成する必要があります。 2番目の選択肢はかなりの難題かもしれない、私はあなたがGoogleに与えることができると言う。あなたがあなたのパッケージをCRANにアップロードすると、パッケージのすべてのビルドが完了します。

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    「dnatool.zip」はUNIX環境で使用できますか? – jon

    +0

    "パッケージをCRANにアップロードすると、すべてのパッケージ構築が完了します。"何がCRANにロードされるべきですか?申し訳ありません簡単な質問 – jon

    +0

    zipファイルはWindowsバイナリです。ソースディストリビューション(tar.gz)を作成するだけで、Windows、Mac、Linuxでは問題なく動作します。この場合、ユーザーはビルドツールをインストールする必要があることに注意してください。しかし、Linuxではこれはよくあるケースです.MacやWindowsでは、インストールが非常に簡単です。あなたのパッケージがCRAN上に置かれると(その計画を立てれば)、これらの問題はすべて解消され、ユーザーは 'install.packages'を使ってインストールすることができます。 –

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