特定の深度カットオフのブランチの下に葉名を取得

Question

dendrogramの深度カットオフにはどのような方法があるのでしょうか？私は、その深さカットオフ以下の各ブランチに対して、すべての葉の名前のリストを得ることができます。その子孫。例えば

私はこのdendrogram作成：

dendextendを使用して、それをプロット

set.seed(1) 
mat <- matrix(rnorm(100*10),nrow=100,ncol=10) 
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(mat)))) 

：

require(dendextend) 
dend %>% plot 

14.5と深さカットオフを定義する：

abline(h=14.5,col="red") 

を

私のリストは以下のようになります。

list(c(5),c(7),c(8),c(10,4,9),c(3,6,1,2)) 

Answer 1

これはあなたが後にしている答えは、しかし、あなたはちょうどこのようにそれらにアクセスできるかどうか全くわかりませんか？

acme$Accounting$children %>% names() 
"New Software"    "New Accounting Standards" 

acme$IT$children %>% names() 
"Outsource" "Go agile" "Switch to R" 

は、おそらくあなたはとてもそれは

names = c('Accounting', 'IT') 
sapply(names, function(x) acme[[x]]$children %>% names(.)) 

のようなものだと思うこれを行うために、よりエレガントな方法は、おそらくありますでしょう自動的にこれをしたいが、これはひどいように見えませんそれを行う方法。

EDIT

ユーザーは完全にここで質問を変更したので、ここで新しい答えです：

get_height = function(x){ 
    a = attributes(x) 
    a$height 
} 

height = 14 
dendrapply(dend, function(x) ifelse(get_height(x) < height, x, '')) %>% unlist() 

あなただけの系統樹内の各端末ノードの高さにアクセスし、それかどうかを判断する必要がありますあなたが望む高さの上または下です。残念ながら、これは同じ親から来る葉ノードをグループ化しません - しかし、これはちょっと変わって追加するのが難しくありません。うまくいけば、これはあなたの方法であなたを取得します。 dendextendで

Answer 2

set.seed(1) 
mat <- matrix(rnorm(100*10),nrow=100,ncol=10) 
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(mat)))) 

require(dendextend) 
dend %>% plot 
abline(h=14.5,col="red") 

cutreefunctionの高さのカットオフ値を受け入れ、グループのメンバーシップで整数vectorを返します。

> cutree(dend,h=14.5) 
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 
1 1 1 2 3 1 4 5 2 2