表示されていないマシン上のインライングラフィックスを持つjupyter Rkernelノートブックを実行するには？

Question

X11を使用しないLinuxクラスタコンピューティングノードで問題なくjupyter IPythonノートを実行することがよくあります。しかし、同じ設定でRカーネルを動かすことはあまりうまくいきません。

マシンの詳細は、次のとおり

• X11、PNG、およびカイロ機能
• アナコンダ4.0.0（パイソン2.7.11）

とCentOSの7.2

R 3.3.1

ノートブックを起動するだけで、最初のセルがログに記録された後、カーネルがクラッシュします。

unable to open connection to X11 display '' 

xvfb-run jupyter notebookでノートブックを起動することで動作させることができます。これは私がR細胞内のコマンドが、私はプロットを作成しようとしたとき、私は私がX11のフォントをインストールすることができれば、それがうまくいくと仮定し、これはの計算ノード上で、次の

Error in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, : X11 font -adobe-helvetica-%s-%s-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*, face 1 at size 9 could not be loaded 

を取得を実行できますクラスタをインストールするための管理権限はありません。

Linuxマシン上でX11を使わずにグラフィックを作成するためにRカーネルでjupyterノートブックを設定する正しい方法は何ですか？

Answer 1

私は、表示ハードウェアと物理的な入力デバイスを持たないLinuxマシンでノートブックを動かす際に、irkernelに必要な最小構成を見つけたと思います。

ファイル名を指定して実行する仮想フレームバッファXサーバの下にノートブック、XVFB：

xvfb-run jupyter notebook 

使用カイロ代わりにX11の：

# Run this in a notebook cell, or put in .Rprofile 
options(bitmapType="cairo") 

jupyter.plot_mimetypeを設定します。 SVGははるかに良く見え、私のためにうまくいった。 PNGもOKでした：

# Run this in a notebook cell, or put in .Rprofile 
# svg much clearer, but won't rescale (scrolling works though) 
options(jupyter.plot_mimetypes = "image/svg+xml") 
# png had some artifacts, but had the nice feature that it would 
# resize when the browser window changes size 
#options(jupyter.plot_mimetypes = 'image/png') 
# can easily resize plots (have to re-plot) with this: 
#options(repr.plot.width=14, repr.plot.height=4)