OWL APIを使用したオントロジーの推論

Question

OWL API 4.1.3を使用して、大きくない私のオントロジーをロードしました。推測された情報を使う必要があるので、私はHermit 1.3.8.413ライブラリを使って推論を行った。次のコードは私がどのようにしたかを示しています。

public class ReasonRDF { 

public static void main(String[] args) throws OWLOntologyCreationException, OWLOntologyStorageException { 

    readRDF("C:/Users/workspace/Ontology_matching/NVDB_Matching_v18_H_4_1_CONVERTYING/results/NewInstantiated/owl/OSM1.owl"); 

} 
public static void readRDF(String address) throws OWLOntologyCreationException, OWLOntologyStorageException{ 
    OWLOntologyManager manager =OWLManager.createOWLOntologyManager(); 
    File file = new File (address); 
    OWLOntology ont = manager.loadOntologyFromOntologyDocument(IRI.create(file)); 
    System.out.println("Ontology Loaded..."); 

    System.out.println("Logical IRI : " + ont.getOntologyID()); 
    System.out.println("Format  : " + manager.getOntologyFormat(ont)); 
    System.out.println("Runtime memory: " + Runtime.getRuntime().totalMemory());  
     ReasonerFactory reasonerFactory = new ReasonerFactory(); 
     ConsoleProgressMonitor progressMonitor = new ConsoleProgressMonitor(); 
     Configuration config = new Configuration(); 
     config.ignoreUnsupportedDatatypes=true; 
     config.reasonerProgressMonitor= progressMonitor; 
     OWLReasoner reasoner = reasonerFactory.createReasoner(ont, config); 


     long t0 = System.nanoTime(); 

     System.out.println("Starting to add axiom generators"); 
     OWLDataFactory datafactory = manager.getOWLDataFactory(); 
     List<InferredAxiomGenerator<? extends OWLAxiom>> inferredAxioms = new ArrayList<InferredAxiomGenerator<? extends OWLAxiom>>(); 
     //inferredAxioms.add(new InferredSubClassAxiomGenerator()); 
     inferredAxioms.add(new InferredClassAssertionAxiomGenerator()); 
     //inferredAxioms.add(new InferredDataPropertyCharacteristicAxiomGenerator()); 
     //inferredAxioms.add(new InferredObjectPropertyCharacteristicAxiomGenerator()); 
     //inferredAxioms.add(new InferredEquivalentClassAxiomGenerator()); 
     //inferredAxioms.add(new InferredPropertyAssertionGenerator()); 
     //inferredAxioms.add(new InferredInverseObjectPropertiesAxiomGenerator());   
     inferredAxioms.add(new InferredSubDataPropertyAxiomGenerator()); 
     inferredAxioms.add(new InferredSubObjectPropertyAxiomGenerator()); 
     System.out.println("finished adding axiom generators"); 

//  List<InferredIndividualAxiomGenerator<? extends OWLIndividualAxiom>> individualAxioms= new ArrayList<InferredIndividualAxiomGenerator<? extends OWLIndividualAxiom>>(); 
//  inferredAxioms.addAll(individualAxioms); 

    // for writing inferred axioms to the new ontology 
    OWLOntology infOnt = manager.createOntology(IRI.create(ont.getOntologyID().getOntologyIRI().get()+"_inferred")); 

     // use generator and reasoner to infer some axioms 
     System.out.println("Starting to infer"); 
     InferredOntologyGenerator iog = new InferredOntologyGenerator(reasoner, inferredAxioms); 
     //InferredOntologyGenerator iog = new InferredOntologyGenerator(reasoner); 

     System.out.println("Inferrence is over"); 

     System.out.println("Storing the results"); 
     iog.fillOntology(datafactory,infOnt); 
     System.out.println("Results are stored"); 
     long elapsed_time = System.nanoTime()-t0; 
     System.out.println(elapsed_time); 

     // save the ontology 
     manager.saveOntology(infOnt, IRI.create("file:///C:/Users/ontologies/NVDB4_test.rdf")); 
    } 
} 

エラーは発生しませんが、推論されたオントロジーを新しいファイルに保存するために必要です。実際には2日後でさえも仕事を完了しません。私のIDEはEclipse EEであり、このアプリケーションを実行するために6〜12 GBのメモリが与えられています。 私のコードやオントロジーに問題が見つかりません。

誰かが最適化を提案したり、より良い実装方法や別のAPIを提案できますか？

hereは、誰かがテストしたい場合のための私のオントロジーです。

Answer 1

オントロジーのサイズは、その上の推論の複雑さに大まかに関連しています。小さなオントロジーは、他の非常に大きなオントロジーよりも難しいものもあります。 （もちろん、バグの可能性もあります）。

オントロジのコンテンツを共有することは可能ですか？

編集：オントロジーを試してみたところ、サイズはそれほど重要ではないようです。オントロジーは理性的には非常に難しいと証明しています。

私はSWRLルールを無効にして、クラスのアサーション生成をスキップして、まだロードブロッキングを試みました。オブジェクトのプロパティの数とトポロジは、HermiTに重点を置くのに十分です。

OWLAPIで問題が発生した場合は、バージョン1.3.8.500を試しましたが、これは更新されたバージョンで修正されている可能性があります。私が得た唯一の重要な結果は、コードがメモリに束縛されていないということです。 VMに割り当てられた3ギガバイトのRAMが十分であるようです。

ディスジョイント関連の推論には時間がかかるようですが、これは予期しないことではありません。あなたがあなたのオントロジから分離した公理を削除して、あなたの必要条件を達成できるかどうかを考えてください。

また、ABoxを分割することによって個人を分ける意味があるかどうかを検討してください。関係のない個人がいる場合は、複数のオントロジーでアサーションを分離すると良いかもしれません。関連のない多数の個人が、推論者に有用な推論を提供しない推論経路を試みる可能性がある。