2011-08-08 14 views
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私は、Rがpubmedから要約を取り出すためのパッケージを発見しました。これは素晴らしいことです。しかし、私は、データの検索時に警告メッセージが表示され続ける:RISmedからのこの警告メッセージは何を意味しますか?

R2009 <- pubmed.search("R+package[tiab]+AND+2009/01/01[dp]:2009/12/31[dp]",dest="temp",format="ris") 
Warning message: 
In download.file(e.query, dest = temp, quiet = TRUE) : 
    downloaded length 2565 != reported length 200 

> nrow(as.data.frame(R2009)) 
[1] 82 

私は手動でのPubMedで検索を行うと、記事(82)の同じ数を発見しました。

警告メッセージは何を意味するのでしょうか、ここで何かを修正する必要がありますか?ありがとう。

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エラーを再現できません(R 2.13.1、Ubuntu x86_64、RISmed_1.2.3)。あなたのオペレーティングシステム、Rのバージョンなどを知っていることは役に立ちます。 'sessionInfo()'の出力を提供してください – rcs

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**警告**であり、エラーではありません。私はLinux(同じRとRISmedバージョン)でも再現できません。 –

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私のために働く...ネットワーク接続の問題? –

答えて

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それはどんなファイルpubmed.search()をダウンロードすることを意味し、それは長さの2565(私は推測バイト?)だったが、接続ネゴシエーション中に報告された長さがちょうど200バイトでした。

よくわからないが、ダウンロードされた検索結果を含むデータファイルがオンザフライで生成され、最終的なファイルサイズがわからない状況を想像することができるので、ダミーサイズ最初に報告されますが、実際のダウンロードストリームはこのサイズを超えて拡大します。ブラウザーを使用しているときには、視覚的に見ることができます。ブラウザーは、ダウンロードの量がわからないため、ダウンロードするデータの量だけを完了までに報告しないことがあります。

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200は、ダウンロードされたファイルの長さではなく、OKのHTTPステータス値です。迷惑な警告は、download.file関数の問題を明らかにし、ダウンロード要求を実行するために内部的に使用するメソッドに依存します。

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