Rcppでパッケージをビルドすると、属性が正しく処理されない

Question

RStudioでRcppを使用することを目的としたRパッケージをセットアップしていましたが、Rcpp属性で正しく動作するように苦労しています。

これがどのように動作するかの私の理解はかなり希薄であるが、次のように私の理解である：ソースC++ファイルで

1. 、あなたはRcppタグ// [[Rcpp::export]]をエクスポートするためのC++の機能をマークし、たとえば、属性を追加することができますRのためにそれを利用可能にする
2. パッケージをビルドするとき、RcppはファイルRcppExports.cppに適切なC++コードを生成し、RソースファイルRcppExports.Rにラッパー関数を生成します。

私のパッケージをビルドするとき、これは（期待通りに）うまく動作していないようです。 RoxygenはNAMESPACEファイルを生成するときにうまくいきません（無効にしました）。タグ // [[Rcpp::export]]は、パッケージの名前空間にエクスポートするための関数をマークするのではなく、Rにエクスポートするための関数にマークするだけです。

さらに重要なことに、Rcpp属性タグ// [[Rcpp::depends()]]が正しく処理されていません。コードhereを新しいソースファイルにコピーしてパッケージを再構築すると、は、BigMatrixという識別子が宣言されていないことを示すRcppExports.cppファイルにエラーがスローされ、属性tage // [[Rcpp::depends(bigmemory)]]が正しく処理されていないことを示します。

Rcppの属性タグの理解に何が欠けていますか？

Answer 1

これは、生成されたRcppExports.cppファイルの問題です。現時点では、他の場所からのヘッダーファイルを含めるように教える方法がないため、bigmemory/MatrixAccessor.hppは含まれていません。

この問題を回避するには、これを行うことです。

#include <Rcpp.h> 
#include <bigmemory/MatrixAccessor.hpp> 

Rcpp::NumericVector BigColSums(Rcpp::XPtr<BigMatrix> pBigMat) { 

    // Create the matrix accessor so we can get at the elements of the matrix. 
    MatrixAccessor<double> ma(*pBigMat); 

    // Create the vector we'll store the column sums in. 
    Rcpp::NumericVector colSums(pBigMat->ncol()); 
    for (size_t i=0; i < pBigMat->ncol(); ++i) 
     colSums[i] = std::accumulate(ma[i], ma[i]+pBigMat->nrow(), 0.0); 
    return colSums; 
} 

// [[Rcpp::export]] 
Rcpp::NumericVector BigColSums(SEXP pBigMat){ 
    return BigColSums(Rcpp::XPtr<BigMatrix>(pBigMat)) ; 
} 

あなた.cppファイルタイプをキャプチャし、RcppExports.cppはたったの約SEXPを知っていなければならないようにするため。

Answer 2

// [[Rcpp::export]]は、NAMESPACEというパッケージに関数をエクスポートしていないだけで、「この関数をRに利用できるようにする必要があります」と言います。ネームスペースでこの関数をどのように管理するかはあなた次第です。

Roxygenはソースファイルのコメントからroxygenタグを解析します。部分的に3.4 of the attributes vignetteで記述されているように、.cppのソースファイルに//' @exportタグを含める必要があります。

2番目の問題については、bigmemoryがファイルのDepends:とLinkingTo:セクションにあることを確認する必要があります。私は// [[Rcpp::depends]]が自動的にパッケージDESCRIPTIONファイルを修正することを好むかもしれないと思うが、あなた自身で行うのは簡単だ。

RStudioヘルプボードにも同様の説明があります。here