Rcpparmadilloコードにdgebal
という名前のFortranルーチン(文書here)を使用する必要があります。私はさらに<R_ext/Lapack.h>
と<R_ext/BLAS.h>
が含まれている場合Rcpparmadillo:Fortranルーチン "dgebal"を呼び出せませんか?
error: 'dgebal_' was not declared in this scope
、コードはなしでコンパイル:私は、私は次のエラーを取得するsourceCpp()
を使用して、私のコードをコンパイルしようとすると、しかし
# include <RcppArmadillo.h>
# include <math.h>
:私は、次のヘッダーが含まれていましたエラーと正常に実行されます。しかし、コンパイラは次のような警告を投げます。
C:/PROGRA~1/R/R-32~1.3/include/R_ext/BLAS.h:49:64: warning: declaration of 'double dasum_(const int*, const double*, const int*)' with C language linkage [enabled by default]
C:/PROGRA~1/R/R-32~1.3/library/RCPPAR~1/include/armadillo_bits/def_blas.hpp:76:1: warning: conflicts with previous declaration 'double arma::dasum_(arma::blas_int*, const double*, arma::blas_int*)' [enabled by default]
警告はこれに類似しています。これは、RのLAPACKライブラリに含まれているdgebal
を含まないRcpparmadilloに同梱されているLAPACKライブラリが原因であると想定するのは正しいですか?私はこれらの警告に心配すべきでしょうか?最後に、私のRcpparmadilloコードにコンパイルの警告なしでdgebal
を使用する方法はありますか? RcppとRcpparmadilloの両方が最新です。オペレーティングシステムはWindows 8.1 64bitです。
EDIT: これはRcpparmadilloの問題ではないことを指摘してくれた@coatlessと@Dirk Eddelbuettel。それにもかかわらず、私の問題は解決しません。以下は私の問題を示す実例のコードです。それはうまくコンパイルされますが、私の限られたテストによれば、意図した機能に影響を与えないような前述の警告がたくさん出ます。 R_ext/Lapack.h
とR_ext/BLAS.h
の2つのヘッダーを削除すると、コンパイラは上記のエラーをスローします。
#include <RcppArmadillo.h>
#include <math.h>
#include <string.h>
#include <ctype.h>
#include <R.h>
#include <Rinternals.h>
#include <Rmath.h>
#include <R_ext/Lapack.h>
#include <R_ext/BLAS.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
using namespace Rcpp;
using namespace arma;
// [[Rcpp::export]]
List R_dgebal2(SEXP x)
{
SEXP dims, z, Scale, i_1, i_2;
int n, info;
dims = Rf_getAttrib(x, R_DimSymbol);
n = INTEGER(dims)[0];
z = Rf_duplicate(x); Scale = Rf_allocVector(REALSXP, n);
i_1 = Rf_allocVector(INTSXP, 1); i_2 = Rf_allocVector(INTSXP, 1);
F77_CALL(dgebal)("B", &n, REAL(z), &n, INTEGER(i_1), INTEGER(i_2),
REAL(Scale), &info);
arma::mat zz = as<arma::mat>(wrap(z));
arma::vec scale2 = as<arma::vec>(wrap(Scale));
int i1=as<int>(wrap(i_1)), i2=as<int>(wrap(i_2));
return List::create(_["z"]=zz, _["scale"]=scale2, _["i1"]=i1, _["i2"]=i2);
}
// Test in R
/*** R
Q <- matrix(c(-1.918206e-01,5.999147e-01,0.000000e+00,0.000000e+00,0.000000e+00,1.106148e-01,
-1.152574e+00,5.716490e-01,0.000000e+00,0.000000e+00,0.000000e+00,5.526595e-01,
-1.256864e+00,3.905685e+04,0.000000e+00,0.000000e+00,0.000000e+00,1.929101e-01,
-3.905721e+04,0.000000e+00,8.120577e-02,0.000000e+00,4.923053e-01,3.572873e-01,0.000000e+00),
nrow = 5, byrow = T)
R_dgebal2(Q)
*/
RcppArmadilloはRのLAPACKインストールを使用します。なぜあなたはfortranルーチンにアクセスしようとしていますか? – coatless
_ "RAPPARMADILLOに同梱されたLAPACKライブラリ" _完全に間違っています。 RcppArmadilloは決して* LAPACKを出荷しませんが、LAPACK Rはローカルコピーであることを知っています。これは何百万回も議論されており、GHのレポ(issue)とリストに掲載されています。 _complete_の例を提供する場合、OS XとLinuxでテストできます。 –
@ coatless:私は行列のバランスをとる必要があるので、armadilloではすぐに利用できません。 Fortranルーチン 'dgebal'がこれを行います。 – aenima