Pythonスクリプト：出力はしませんが、エラーはありませんか？

Question

私は一連の短いDNAアライメントを持っており、それらのミスマッチの位置と種類を追跡したいと思います。

TTCGCTTGCAGAGAGAAATCAC 
||||| |||||||||||||||| 
TTCGCATGCAGAGAGAAATCAC 
-- 
TGCTCACCTCTCTTTCTGTCAGT 
||||||||||||||| ||||||| 
TGCTCACCTCTCTTTGTGTCAGT 
-- 
TGCTCAC-TGCTCTTTCTGTCAG 
||||||| | ||||||||||||| 
TGCTCACCT-CTCTTTCTGTCAG 
-- 

私が整列オブジェクトを作成するためにBioPythonを使用して、私のようなファイルのものに結果を書きたいのですが、短いスクリプトを持っています。ファイルは次のようになりますので、 - 「」アライメントはで区切られていこれは：

5,'T A' 
15,'C G' 
7,'- C' 
9,'G -' 

これまでに書いたスクリプトです。エラーを出力せず、出力も返しません。あなたの助けや指導が大変ありがとう！

#!/usr/bin/python 

from __future__ import print_function 
from itertools import groupby 
from Bio import Alphabet 
from Bio.Align.Generic import Alignment 
from Bio.Align import AlignInfo 
from Bio.Align.AlignInfo import SummaryInfo 
from Bio.Seq import Seq 
from Bio.Alphabet import IUPAC, Gapped 

def align_iter(tmp2): 
    """given an alignment file, yield tuples of topline, pipes, bottomline""" 
    al = open('tmp2', 'r') 
    alniter = (x[1:3] for x in groupby(al, lambda line: line[0] == "-")) ## split file on '--' 
    align = Alignment(Gapped(IUPAC.unambiguous_dna, "-")) ## these are gapped alignments 
    for align in alniter: # for i in range(len(alniter(i))) 
     align.add_sequence("full", x[1]) ### together the 3 lines are the alignment 
     align.add_sequence("pipes", x[2]) 
     align.add_sequence("mature", x[3]) 
    """ 
    for each mismatch in the alignment, print out the mismatching pairs 
    and their index position 
    """ 
def reportMismatch(align): 
    for i,c in enumerate(align):  #### want to return an iterator, i think 
     if " "==str(x[2].seq):  ### where ever there's a mismatch in the alignment (no pipe), 
      yield "{}".format(i)  ### return the column and its index 
    for i in reportMismatch(): 
     with open('Out.txt', 'a') as f: ### write the results to a file 
      print(i, align.get_column(i), file=f) ### including the position (index) and column contents 

Answer 1

Pythonスクリプトを実行するには、メインエントリポイントが必要です。

は、スクリプト次に、あなたは、少なくともあなたの関数が実行取得を参照してください

if __name__ == '__main__': 
    # Call the function you want to invoke. 

の一番下に以下を追加します。その後、さらにデバッグを開始することができます。