Elink関数がHTTP 414の問題を返します

Question

私は、pubmedの用語を検索しており、pubmed centralのそれぞれのidを検索しています。これは私のコードです

Entrez.email = "Afsrtfgdsfg@bobxx.com" 
batch_size = 10000 

def idconv(idkeys): 
    handle = Entrez.elink(db='pmc', dbfrom='pubmed', id=idkeys) 
    return [each['LinkSetDb'][0]['Link'][0]['Id'] for each in Entrez.read(handle)] 

def search(Term): 
    handle = Entrez.esearch(db='pubmed', term=Term, retmax=100000000) 
    record = Entrez.read(handle) 
    idlist = record["IdList"] 
    return idlist 

mylist = search('"bacterial infections and mycoses"[MeSH Terms] AND pmc cc license[filter]AND ("review"[Publication Type]) AND "journal article"[Publication Type] NOT "letter"[Publication Type] NOT "comment"[Publication Type]') 
print(len(idconv(mylist))) 

私はいつもエラーが発生します。

HTTP Error 414: Request-URI Too Large 

どうすればこの問題を解決できますか？

Answer 1

私は一度に600のチャンクを使用して、結果

from Bio import Entrez 

Entrez.email = "Afsrtfgdsfg@bobxx.com" 
batch_size = 10000 
#['LinkSetDb'][0]['Link'][0]['Id'] 
def idconv(idkeys): 
    res=[] 
    for i in range(0, len(idkeys), 600): 
     handle = Entrez.elink(db='pmc', dbfrom='pubmed', id=idkeys[i:i+600]) 
     for each in Entrez.read(handle): 
      try: 
       res.append(each['LinkSetDb'][0]['Link'][0]['Id']) 
      except IndexError: 
       pass 
    return res 

def search(Term): 
    handle = Entrez.esearch(db='pubmed', term=Term, retmax=100000000) 
    record = Entrez.read(handle) 
    idlist = record["IdList"] 
    return idlist 

mylist = search('"bacterial infections and mycoses"[MeSH Terms] AND pmc cc license[filter]AND ("review"[Publication Type]) AND "journal article"[Publication Type] NOT "letter"[Publication Type] NOT "comment"[Publication Type]') 
print(len(mylist)) 
print (len(idconv(mylist))) 

Answer 2

を得たBiopython 1.67が（原因まもなく）非常に長いHTTPのGETのURLが必要とされるであろう時にHTTP POSTを使用して切り替えることにより、この問題を解決する必要があります。参照：

https://github.com/biopython/biopython/commit/674da1122593cdc492c3ae480c7c1b7db06343b7

をそれまでの間、あなたはソースからBiopythonをインストールしてみてくださいだろうか？