2012-05-31 8 views
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Rのheatmap関数は、人間が行列の要素の相対値を解釈するのを助けると考えられています。しかし、与えられたプロット内でセルを一貫して色づけしていないように見えます。これは、相対値を正しく解釈するための重大な障害です。例えばRのヒートマップがカラーセルを一貫して機能させないのはなぜですか?

は、のは、通常のランダム変量の列を連結することにより、いくつかのデータを生成してみましょう:私たちがfooの列を関連付ける場合

foo <- cbind(replicate(10,rnorm(10))) 

今、私たちは、の相関以来、我々は対角のエントリに1つのを取得することを確認することができます自分自身との任意の列は、1:

cor.matrix <- cor(foo) 

しかし、我々はプロット:

heatmap(cor.matrix,Rowv=NA,Colv=NA) 

(ここではreording系統樹を抑制している、それは関係していないようですが)

あなたが見ることができるように、対角セルは、均一に着色されていません。here

は誰もがここで何が起こっているか説明できますか?

答えて

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デフォルトでは、ヒートマップは「行」でスケールされます。

heatmap(cor.matrix,Rowv=NA,Colv=NA, scale="none") 
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