2016-07-29 11 views
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getgeodata()メソッドを使用してNCBIからマイクロアレイデータを取得しています。これは構造体を返します。のデータは、DataMatrixで、各列は異なるサンプルを表し、プローブは行を表します。DataMatrixのDataMatrixの平坦化

am_accession = getgeodata('GSE2034') 
am_data_adj = rmabackadj(am_accession.Data) 

MATLABはエラーをスロー:

Error using rmabackadj (line 80) Probe intensity values must be numeric and real.

私は私がする必要があると私のような何かをしようとすると、いくつかの理由しかし、DataMatrixの内の各セルは、その1x1のDataMatrixのそのものであると1x1 DataMatrixの値が大きなDataMatrixの値になるようにDataMatrixを平坦化しますが、Matlabでこれをどのように達成するかはわかりません。

これを行う方法(慣用的に)

答えて

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DataMatrixはmatlabクラス/オブジェクト(具体的にはbioma.data.DataMatrix)のようです。

これは、ドキュメントを読むことができることを意味します。つまり、doc bioma.data.DataMatrixです。 DataMatrixの名前とドットをコンソールに書き込んだ後に[TAB]を押すと、オブジェクトから直接利用可能なメソッドのリストを取得することもできます。いずれの場合においても

、すなわちdoubleの配列にすべてのデータを変換し、正確に何をしたいん.double()方法があるように思われる、すなわち

am_accesion.Data.double() 
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それは興味深いデータ構造です。私はそれを越えて来ていない。あなたは 'MyData(:、 'columnname')'やMyData([1:5]、{'columnname1'、 'columnname2'}) 'のようなことをすることができます。それはいいね;これが知っていいですね。 –

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はR data.frameと似ているようです。 DataMatrixのDataMatrixは、たとえそれが格納されていてもちょっと変わってしまいます。それは、変数検査ビューを役に立たなくします。 – merv

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行/列名で照会する機能を保持しているサブセット(つまり、同じタイプのサブセット)を取得したい場合は意味があります。本当の弱点は、演算子を連鎖させることができないためです。つまり、 'd = Data(1:10,1:10);を実行すると一時的な変数を全部割り当てる必要があります。 '' Data(1:10,1:10).double() 'や' Data.double()(1:10,1:10) 'ではなく、d.double() –

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