p.adjust（） - 関数の使い方

Question

wilcox.test()関数を使用して、2つの大きなデータセットから得たp-valuesのリストを得ました。

複数の比較があるので、私はp値の調整を行う必要があります。

問題p.adjust()の機能がどういうものか分かりません。
誰かが何をすべきかを教えてもらえますか？私の知られているすべてのp値に対して調整されたp値が得られますか？

Answer 1

私は単にあなたのデータを再生し、このシンプルな機能をもたらす：これは、調整p値を取得するための簡単な関数である

dat <- data.frame(
    value=c(4409, 55.5, 3951.5), 
    p.value=c(2.766e-15, 0.04606, 1.545e-15) 
) 

を：

getAdjustPval <- function(df, pAdjustMethod="BH", ...) { 
    if(is.null(df$p.value)) { 
     stop("p-value is required") 
    } else { 
     p <- df$p.value 
     df$adjust.pvalue <- p.adjust(p, method = pAdjustMethod) 
     df 
    } 
} 

あなたは、この取得します：

を

value p.value adjust.pvalue 
1 4409.0 2.766e-15  4.149e-15 
2 55.5 4.606e-02  4.606e-02 
3 3951.5 1.545e-15  4.149e-15