pythonの場合、hdf5/netcdf4をインストールしてください

Question

Linux Mintでこれを行う17.1。

私は試してみてください。

pip install hdf5

私はnetcdf4をインストールするには、長期的にしようとしているが、私は得るまでそれを行うことができないエラーに

"Could not find a version that satisfies the requirement hdf5 (from versions:) No matching distribution found for hdf5"

を取得hdf5がインストールされています。おそらく、私が先週netcdf4を使ってこの作業をしようとしていたときから、少なくともhdf5の場合にはpip install netcdf4、err hdf5 ...を使用しなければなりません。へ

Collecting netcdf4 Using cached netCDF4-1.2.3.1.tar.gz Complete output from command python setup.py egg_info: Package hdf5 was not found in the pkg-config search path. Perhaps you should add the directory containing hdf5.pc」 ：

私はpip install h5pyをしようとした場合、私は、メッセージが言っていることを得る：

Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): h5py in ./anaconda3/lib/python3.5/site-packages Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): numpy>=1.6.1 in ./anaconda3/lib/python3.5/site-packages (from h5py) Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): six in ./anaconda3/lib/python3.5/site-packages (from h5py)

しかし、私は先に行くとpip install netcdf4をしようとした場合、それが立ち上がると言いますPKG_CONFIG_PATH環境変数 パッケージ 'hdf5'が見つかりません cythonバージョン0.23.4が見つかりました... setup.cfgから読み取る...

HDF5_DIR environment variable not set, checking some standard locations .. 
checking /home/meant2b ... 
checking /usr/local ... 
checking /sw ... 
checking /opt ... 
checking /opt/local ... 
checking /usr ... 
Traceback (most recent call last): 
    File "<string>", line 1, in <module> 
    File "/tmp/pip-build-pq3yt4ek/netcdf4/setup.py", line 286, in <module> 
    raise ValueError('did not find HDF5 headers') 
ValueError: did not find HDF5 headers 

---------------------------------------- 

コマンド "のpython setup.py egg_info" 私はファイルを検索するときに/ tmp/PIP-ビルドpq3yt4ekに/ netcdf4/`

は私がhdf5.pcが見つからないエラーコード1で失敗しましたファイル。

h5pyとhdf5に違いはありますか？個々のファイルからhdf5をコンパイルしてインストールする必要がありますか、インストールすることはできますか。

hdf5とnetcdf4の両方をインストールするにはどうすればよいですか？

Answer 1

Linuxディストリビューション用のHDF5ライブラリをインストールする必要があります。 Ubuntuのである：

sudo apt-get install libhdf5-serial-dev netcdf-bin libnetcdf-dev

はthis linkを参照してください。

Answer 2

私は、それを修正するにはDebian 8で同じ問題を持っていたルートとして、私はライブラリをインストールし、その後HDF5ライブラリ内の含まディレクトリにシリアルヘッダをリンクし、HDF_DIRパスをエクスポートしnetCDF4をインストール：

# apt-get install -y libhdf5-dev libnetcdf-dev 
# ln -s /usr/include/hdf5/serial /usr/include/hdf5/include 
# export HDF5_DIR=/usr/include/hdf5 
# pip install netCDF4