ggsurvの伝説と線の太さ

Question

ggplotのggsurv関数にいくつか問題があります。

凡例と線のスタイルで外観の順序を制御したいと思います。

私は他の人が同様の問題を抱えていることがわかりますが、私は私の問題は、私は伝説では標準値が置き換え期待しているでしょう。ここ

library(GGally) 
library(survival) 
data(lung) 
surv1 <- survfit(Surv(time,status) ~ sex, data = lung) 
p1 <- ggsurv(surv1, lty.est=c(1,2), surv.col=c("black", "red")) 
p1 <- p1 + scale_colour_discrete(name = 'sex', breaks = c(1,2), labels=c('XX','XY')) 
p1 

ようである標準肺のデータを用いて溶液

を理解しませんXXとXYで。しかし、私は代わりに伝説の複製を得る。 1つは正しい行属性で、名前と色は間違っています。もう1つは、正しい名前と色で、間違った行属性です。

私は

p1 <- p1 + guides(colour = FALSE) 

を挿入しようとしたが、それは伝説

私は何を理解していないの間違った部分を削除しますか？イカのコメントに

おかげで解決策は以下のとおりです。

library(GGally) 
library(survival) 
data(lung) 
surv1 <- survfit(Surv(time,status) ~ sex, data = lung) 
p1 <- ggsurv(surv1, lty.est=c(1,2), surv.col=c("black", "red")) 
p1 <- p1 + scale_colour_discrete(name = 'sex', breaks = c(1,2), labels=c('XX','XY')) 
p1 <- p1 + guides(linetype = F, colour = guide_legend(override.aes = list(linetype = c(2,1)))) 
p1 

私はoverride.aesを手動で凡例で使用する線の種類を設定することを理解することができます。私は、線種= Fが実際に何をしているのかは十分には分かっていませんが、機能します！

2番目の質問です。手動で線の太さをどのように設定します（両方のグラフと凡例で）

p1 <- p1 + geom_line(size=2) 

を追加すると、動作しません。それは、偽の黒い線を描画し、偽の黒い線は、偽の線と完全に整列していない。

Answer 1

が、それはここで同じような状況では、他人のために

は私の手では、私が望んで変更される可能性がどこに私のコードです（私が知らなかった）ggfortifyと協力し

if(!require(survival)){ 
    install.packages("survival") 
} 
library(survival) 

if(!require(GGally)){ 
    install.packages("GGally") 
} 
library(GGally) 

if(!require(ggplot2)){ 
    install.packages("ggplot2") 
} 
library(ggplot2) 

if(!require(ggfortify)){ 
    install.packages("ggfortify") 
} 
library(ggfortify) 


    fit <- survfit(Surv(age_at_ecg, age_at_censor, dod) ~ rs9388451, data = exom) 
    plot.data = fortify(fit) 
    p1 <- ggplot(plot.data, aes(time, surv, color = strata)) 
    p1 <- p1 + geom_point(size=0) 
    p1 <- p1 + geom_step(size=2) 
    p1 <- p1 + scale_color_manual(name = "rs9388451", labels = c('WT', 'Heterozygote', 'Homozygote'), values = c('black', 'blue', 'red')) 
    p1 <- p1 + scale_x_continuous(limits=c(30,80),breaks=seq(30,80,10)) # x ticks from 0 to 180 by 30 
    p1 <- p1 + scale_y_continuous(limits=c(0.80,1),breaks=seq(0.80,1,0.05)) 
    p1 <- p1 + xlab("Age (years)") 
    p1 <- p1 + ylab('Survival') 
    p1 <- p1 + theme(panel.background = element_rect(fill="white")) # white plot background 
    p1 <- p1 + theme(legend.key = element_rect(fill="white")) 
    p1 <- p1 + theme(axis.title.y=element_text(margin=margin(0,15,0,0))) # Add space to axis title 
    p1 <- p1 + 
     theme(axis.text=element_text(size=25,face="bold",colour="black"), axis.title=element_text(size=25,face="bold")) 
    p1 <- p1 + theme(legend.text = element_text(colour="black", size=15, face="bold")) 
    p1 <- p1 + theme(legend.title = element_text(colour="black", size=15, face="bold")) 
    p1 

Answer 2

scale_colorとscale_linetypeの両方を使用して凡例を結合し、2つの尺度が同じ名前とラベルを持つようにすることができます。色をscale_color_manualに再度定義する必要があるように見えます。

geom_step経由で行を追加し、のオブジェクトを使用して、正しい色と行の種類を設定することができます。これの欠点は、2番目の行セットが元のものの上に描画されるため、結果が必ずしもうまく見えるとは限りません。

ggsurv(surv1, lty.est=c(1,2), surv.col=c("black", "red")) + 
    scale_color_manual(name = "sex", values = c("black", "red"), labels = c("XX", "YY")) + 
    scale_linetype_discrete(name = "sex", labels = c("XX", "YY")) + 
    geom_step(size = 1, aes(color = group, linetype = group)) 

ggplot2を使用してグラフを「手作業で」作成するだけの価値があることを指摘しておきます。これはモデルオブジェクト上のfortifyggfortifyから生存モデルに対して行うことができます。aosmithのアドバイスに最後に起因する

library(ggfortify)  
library(ggplot2)   
plot.data = fortify(surv1, surv.connect = TRUE) 

ggplot(plot.data, aes(time, surv, color = strata)) + 
    geom_step(aes(linetype = strata), size = 1) + 
    geom_point(data = subset(plot.data, n.censor > 0), shape = 3, color = "red") + 
    scale_color_manual(name = "sex", labels = c("XX", "YY"), values = c("black", "red")) + 
    scale_linetype_discrete(name = "sex", labels = c("XX", "YY")) + 
    labs(y = "Survival", x = "Time")