tidygraphの子から値を伝播

Question

私は属レベルで注釈をつけたツリーを持っています（つまり、各リーフに名前があります）。子供が同じ属を持つ限り、ブランチ/エッジの葉の色を伝えたいので、このプロットのように：

Source

マイツリーがhereです（申し訳ありませんが、dputは動作しません...）と、彼はそのようになっています

library(ggraph) 
library(tidygraph) 
load("tree_v3") 

TBL %>% activate(nodes) %>% as_tibble 
# A tibble: 50 x 2 
    leaf  Genus 
    <lgl>  <fctr> 
1 FALSE   NA 
2 TRUE Klebsiella 
3 TRUE Klebsiella 
4 FALSE   NA 
5 TRUE Klebsiella 
6 TRUE Klebsiella 
7 FALSE   NA 
8 FALSE   NA 
9 TRUE Klebsiella 
10 FALSE   NA 
# ... with 40 more rows 

このコードでツリーを印刷できますが、わかるように、エッジの色は葉の近くにとどまります。

TBL %>% 
    ggraph('dendrogram') + 
    theme_bw() + 
    geom_edge_diagonal2(aes(color = node.Genus)) + 
    scale_edge_color_discrete(guide = FALSE) + 
    geom_node_point(aes(filter = leaf, color = Genus), size = 2) 

あり、このblog postでの検索オーバーセクションマッピングのコードはあるが、それは私のデータでは動作しませんし、私は理由を理解していない...

TBL2 <- TBL %>% 
    activate(nodes) %>% 
    mutate(Genus = map_bfs_back_chr(node_is_root(), .f = function(node, path, ...) { 
    nodes <- .N() 
    if (nodes$leaf[node]) return(nodes$Genus[node]) 
    if (anyNA(unlist(path$result))) return(NA_character_) 
    path$result[[1]] 
    })) 

マルコSandri答え

01後

Error in mutate_impl(.data, dots) : Evaluation error: Cannot coerce values to character(1).

EDIT

mutate(Genus = as.character(Genus))の場合、これ以上エラーメッセージは表示されませんが、属は正しく伝播しません。たとえば、右から3番目と4番目のノードが表示されます。親はNA ...となります（ブログポストプロットでは機能しません）。 TBLで

Answer 1

Genus要因である：

str(TBL %>% activate(nodes) %>% as_tibble) 

# Classes ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame':  50 obs. of 2 variables: 
# $ leaf : logi FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE ... 
# $ Genus: Factor w/ 10 levels "","Citrobacter",..: NA 6 6 NA 6 6 NA NA 6 NA ... 

が、文字でなければなりません。
Genusを因子から変換すると、コードが機能します。

TBL2 <- TBL %>% 
    activate(nodes) %>% 
    mutate(Genus = as.character(Genus)) %>% 
    mutate(Species = map_bfs_back_chr(node_is_root(), .f = function(node, path, ...) { 
     nodes <- .N() 
     if (nodes$leaf[node]) return(nodes$Genus[node]) 
     if (anyNA(unlist(path$result))) return(NA_character_) 
     path$result[[1]] 
    }))