2016-10-20 1 views
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私はより良いプロットを作成するためにExcelからRに移行し、Rのスタックバープロットを作成してPercent.Exonic、Percent.Intronic、Percent.Intergenicをそれぞれ1つのスタックに表示していますのサンプル。 これらの3つの列の後に複数の列があります。スタックバープロットを作成する

は、私は(私は、テーブルにテキストファイルからそれを読んで)次のようになり、大きなデータセット持っている -

Sample_ID Gene_ID Percent.Mapped.Reads Percent.Exonic Percent.Intronic Percent.Intergenic Col7 Col8 Col9 Col10 
AAl 79.46 ABC 85 10 5 . . . 
AA2 83.39 X82 96 2 2 . . . 
AAL3  AB9292 91.89 90 5 5 . . . 
AAL5 uw20 89.34 90 0 10 
PBS1 wiw0 82.4 88 2 12 
PBS3 vh27 81.88 100 0 0 
Imr90_Rep2_54 eg282 92.29 100 0 0 
Imr90_Rep2_72 yrt363 90.62 100 0 0 

[![]ここに画像の説明を入力し、[1] [1]することができます誰かしてくださいその中のすべてのサンプルを使ってこのプロットを得る方法を教えてください。

私はこのコードを今まで持っていましたが、このトピックの以前の投稿でもas.matrixを使用することはほとんどありませんでした。 -

alignment <- read.table("Alignment.txt") 
barplot(alignment, 
    names.arg = alignment, 
    cex.names = 0.7, 
    col = sequential, 
    xlab = "Samples", 
    ylab = "Percent mapped", 
    xlim = c(0,20), 
    width = 1)) 

ありがとう!

+8

'barplot'はあなたが必要なすべてのですか。あなたはこのサイトの "積み重ねたバーチャル/バープロット"を検索するほうがいいでしょう。おそらく200以上の重複したターゲットが存在する可能性があります。 –

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はい、私はそれを行い、テストしています。データにas.matrixを使用する必要がありますか?私はいくつかの投稿でそれを見て、私は少し混乱しています。 – AnkP

答えて

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私はそれが以前の記事のいずれかに基づいて動作するようになった - ここで

Data <- subset(Input, select=c(1,7,8,9)) # Row required columns 
    data_m <- melt(Data) 

    ggplot(dat_m, aes(data_m$Sample_ID, value, fill = variable)) + 
     geom_bar(stat = "identity") + 
     xlab("Chr") + 
     ylab("Number of SNPs")+ theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 0) 

    }) 

は、オリジナルのポストである - how can I make stacked barplot with ggplot2

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