[R]で名前空間のインポート順序を決定するには

Question

Rインスタンスを起動時の処女状態に戻すには、そのインスタンスをクリーンアップする必要があります。これまでのところ、私がやっていることです：私はインスタンスをフラッシュする必要がある場合は、起動時にありませんでしたロードされた各パッケージを切り離し

original_packages <- grep('^package:', search(), value = TRUE) 
original_namespaces <- loadedNamespaces() 

打ち上げで

は、ロードされたパッケージと名前空間を記録：

for (pkg in grep('^package:', search(), value = TRUE)) { 
    if (! pkg %in% original_packages){ 
     detach(pkg, unload=TRUE, force=TRUE, character.only=TRUE) 
    } 
} 

問題は、私は、このようなggplot2として輸入した名前空間の束とパッケージをロードした場合、これらの名前空間がロードされた滞在し、私は、高レベルダウンから、インポートの順序でそれらをアンロードしなければならないということです。私は "名前空間 'x'が 'y'、 'z'によってインポートされるので、アンロードすることはできません"というエラーが出るので、盲目的にアンロードすることはできません。ここで

は再現例です。

original_packages <- grep('^package:', search(), value = TRUE) 
original_namespaces <- loadedNamespaces() 

library(ggplot2) 
library(plyr) 

loadedNamespaces() 

for (pkg in grep('^package:', search(), value = TRUE)) { 
    if (! pkg %in% original_packages){ 
     detach(pkg, unload=TRUE, force=TRUE, character.only=TRUE) 
    } 
} 

for (ns in loadedNamespaces()) { 
    if (! ns %in% original_namespaces){ 
     unloadNamespace(ns) 
    } 
} 

は、名前空間のインポートの階層構造を把握するためにいくつかの方法はありますか？もしそうなら、私はちょうど最後のループを正しく注文することができるはずです...

Answer 1

@Josh O'Brienが述べたように、名前空間をデタッチまたはアンロードしてクリーンな環境を得ることはできません。

しかし、ここであなたの質問に答えるためには、tools:::dependsOnPkgsを使用して、正しい順序ですべての名前空間をアンロードするための簡単なアプローチです：

## params: originalNamespaces is a list of namespaces you want to keep 
cleanNamespaces <- function(originalNamespaces) { 

    ## which namespaces should be removed? 
    ns <- setdiff(loadedNamespaces(), originalNamespaces) 

    ## get dependency list 
    dep <- unlist(lapply(ns, tools:::dependsOnPkgs)) 

    ## append namespaces to guarantee to fetch namespaces with 
    ## no reverse dependencies 
    ns <- c(dep, ns) 

    ## get namespace names in correct order to unload without errors 
    ns <- names(sort(table(ns), decreasing=TRUE)) 

    ## only unload namespaces which are attached 
    ns <- ns[ns %in% loadedNamespaces()] 

    ## unload namespaces 
    invisible(sapply(ns, unloadNamespace)) 
} 

Answer 2

私は確かにハッキーな必要性にハックな解決策を投げました。どのようにこれをより良くするためのアドバイスをいただければ幸いです。特に、グローバルnamespace_depthsオブジェクトの<<-割り当てに満足していません。

original_packages <- grep('^package:', search(), value = TRUE) 
original_namespaces <- loadedNamespaces() 

library(ggplot2) 
library(plyr) 

loadedNamespaces() 

new_packages <- Filter(function(pkg) { ! pkg %in% original_packages }, grep('^package:', search(), value = TRUE)) 

new_namespaces <- Filter(function(ns) { ! ns %in% original_namespaces }, loadedNamespaces()) 

get_imports <- function(ns, depth) { 

    imports <- Filter(function(ns) { ! ns %in% original_namespaces }, names(getNamespaceInfo(ns, 'imports'))) 
    if (length(imports) == 0) { 
     if (is.null(namespace_depths[[ns]]) || namespace_depths[[ns]] < depth){ 
      namespace_depths[[ns]] <<- depth 
     } 
     return() 
    } 
    for (imported_ns in imports){ 
     get_imports(imported_ns, depth + 1) 
    } 
    if (is.null(namespace_depths[[ns]]) || namespace_depths[[ns]] < depth){ 
     namespace_depths[[ns]] <<- depth 
    } 
} 

namespace_depths <- list() 
sapply(new_namespaces, get_imports, 0) 

for (ns in names(namespace_depths)[order(unlist(namespace_depths))]) { 
    if (! ns %in% original_namespaces){ 
     unloadNamespace(ns) 
    } 
} 

for (pkg in new_packages){ 
    detach(pkg, unload=TRUE, force=TRUE, character.only=TRUE) 
}