gromacsシミュレーションの.pdbファイルの全体的な「サイズ」を増やす

Question

POPとSolの数の4倍のPOPC128a.pdbとtopol11885.topファイルに基づいて、グロマックを使用してシミュレーションを作成しようとしています。物理的特性。本質的に、POPC512a.pdbとtopol47540.topを作成してシミュレーションを作成します。私はボックスサイズと他のいくつかの機能にeditconfを使用する方法を知っていますが、私はgromacsを初めて使っていますし、editconfや他のツールを使ってこれを行う方法についてのドキュメントを見てきました。これらの変更を行う簡単な方法はありますか？または、これらの.pdbファイルと.topファイルをゼロから作成する必要がありますか？

ありがとうございました。

Answer 1

「pdb-files」というタグは、ソフトウェアのゴマックやバイオインフォマティクスの世界とはまったく関係のない「プログラムデータベース」ファイルを指します。 Researchgateのウェブサイトが適しているかもしれません。

有用なリンクがたくさんあるgromacs resource/tutorialウェブページを参照してください。

Answer 2

シミュレーションシステムの座標をgmx genconfで複製し、トポロジファイルを直接編集して変更された構図を指定することができます。