2016-06-30 1 views
0

を使用してパラメータを含んガイド:は、すべてのp値は、私はコマンドを使用してRでglmmLassoを用いた混合モデルを適合していますglmmLasso

glmmLasso(fix = Activity ~ Novelty + Valence + ROI + Novelty:Valence + 
    Novelty:ROI + Valence:ROI + Novelty:Valence:ROI, rnd = list(Subject = ~1), 
    data = KNov, lambda = 195, switch.NR = F, final.re = TRUE) 

あなたのデータの意味を与えるために、head(KNov)の出力は次のようになります。

Subject Activity ROI Novelty Valence Side  STAIt 
1  202 -0.4312944 H  N  E L -0.2993321 
2  202 -0.6742497 H  N  N L -0.2993321 
3  202 -1.0914216 H  R  E L -0.2993321 
4  202 -0.6296091 H  R  N L -0.2993321 
5  202 -0.6023507 H  N  E R -0.2993321 
6  202 -1.1554196 H  N  N R -0.2993321 

(I被験体がカテゴリ変数として読み取る有することKNov$Subject <- factor(KNov$Subject)を使用)

活動が、脳活動の指標であり、新規性及び価数categあります応答を引き出すために使用される刺激のタイプをコーディングする口述変数およびROIは、この活動をサンプリングした脳の3つの領域を符号化するカテゴリ変数である。被験者は、データをサンプリングした個体のID番号である(n = 94)。

glmmLassoの出力は次のとおりです。

Fixed Effects: 

Coefficients: 
         Estimate StdErr z.value p.value  
(Intercept)    0.232193 0.066398 3.4970 0.0004705 *** 
NoveltyR    -0.190878 0.042333 -4.5089 6.516e-06 *** 
ValenceN    -0.164214  NA  NA  NA  
ROIB     0.000000  NA  NA  NA  
ROIH     0.000000  NA  NA  NA  
NoveltyR:ValenceN  0.064523 0.077290 0.8348 0.4038189  
NoveltyR:ROIB   0.000000  NA  NA  NA  
NoveltyR:ROIH   0.000000  NA  NA  NA  
ValenceN:ROIB   -0.424670 0.069561 -6.1050 1.028e-09 *** 
ValenceN:ROIH   0.000000  NA  NA  NA  
NoveltyR:ValenceN:ROIB 0.000000  NA  NA  NA  
NoveltyR:ValenceN:ROIH 0.000000  NA  NA  NA  
--- 
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

Random Effects: 

StdDev: 
      Subject 
Subject 0.6069078 

私は原子価の影響のためのp値を取得したいと思います。私が最初に考えたのは、価値のp値は重要ではなく、重要なValenceR:ROIB相互作用の一部であるためモデルにのみ含まれていたため含まれていなかったが、NoveltyR:ValenceNも重要ではないがそのためにp値が与えられる。この分析は紙のために使用されるので、重要ではないが、p> 0.05ではなく実際のp値を報告することを好む。

+0

これを変数、おそらくmyLassoに保存します。 'mySummary < - summary(myLasso)'を試してください。それから 'str(mySummary)'。あなたはおそらく私のサマリーから結果を引き出すことができます。 – lmo

+0

@Imo要約でNAと表示されるパラメータは、str(mysummary、vec.len = 50)の出力にNAとしても表示されます。 – xralphyx

+0

データセットにはすべての組み合わせが含まれているとは限りません。例えば、データは、Valence = NおよびROI = Hの場合がない可能性があります。 – Dave2e

答えて

1

ここで問題となるのは、「ランクセットの予測子が少ない」ためです。つまり、エントリがない場合や、エントリの一部が小さい場合は、他の部分をあいまいにするのに十分です。値。私はあなたがこのコードを実行して、ゼロセルを得ることに気づくことをお勧めします。

with(KNov, table(Novelty , 
        Valence, 
        ROI , 
        interaction(Novelty, Valence)) 
関連する問題