MongoDBネストされたオブジェクトの集計数量

Question

mongoDBオブジェクトのネストが多く、指定された条件に一致するサブ文書の数を数えたい編集:(各文書内）。たとえば：

{"_id":{"chr":"20","pos":"14371","ref":"A","alt":"G"}, 
"studies":[ 
    { 
     "study_id":"Study1", 
     "samples":[ 
      { 
       "sample_id":"NA00001", 
       "formatdata":[ 
        {"GT":"1|0","GQ":48,"DP":8,"HQ":[51,51]} 
       ] 
      }, 
      { 
       "sample_id":"NA00002", 
       "formatdata":[ 
        {"GT":"0|0","GQ":48,"DP":8,"HQ":[51,51]} 
       ] 
      } 
     ] 
    } 
] 
} 
{"_id":{"chr":"20","pos":"14372","ref":"T","alt":"AA"}, 
"studies":[ 
    { 
     "study_id":"Study3", 
     "samples":[ 
      { 
       "sample_id":"SAMPLE1", 
       "formatdata":[ 
        {"GT":"1|0","GQ":48,"DP":8,"HQ":[51,51]} 
       ] 
      }, 
      { 
       "sample_id":"SAMPLE2", 
       "formatdata":[ 
        {"GT":"1|0","GQ":48,"DP":8,"HQ":[51,51]} 
       ] 
      } 
     ] 
    } 
] 
} 
{"_id":{"chr":"20","pos":"14373","ref":"C","alt":"A"}, 
"studies":[ 
    { 
     "study_id":"Study3", 
     "samples":[ 
      { 
       "sample_id":"SAMPLE3", 
       "formatdata":[ 
        {"GT":"0|0","GQ":48,"DP":8,"HQ":[51,51]} 
       ] 
      }, 
      { 
       "sample_id":"SAMPLE7", 
       "formatdata":[ 
        {"GT":"0|0","GQ":48,"DP":8,"HQ":[51,51]} 
       ] 
      } 
     ] 
    } 
] 
} 

私が含まれているどのように多くのサブ文書を知りたいGT：「1 | 0」、第3回の最初の文書中の1、および第二の2、および0になり、この場合、これ。私はunwindと集約関数を試しましたが、私は明らかに何か正しいことをしていません。私は「GT」フィールドで、サブ文書をカウントしようとすると、モンゴは文句を言う：「」私のグループの名前以来

db.collection.aggregate([{$group: {"$studies.samples.formatdata.GT":1,_id:0}}]) 

を含めることはできません、まだ私はそれらを残している場合：

db.collection.aggregate([{$group: {"$GT":1,_id:0}}]) 

それ"$ GTはオペレータ名にはなれない"ため文句を言う

アイデアはありますか？

Answer 1

あなたは配列を扱うとき$unwindを処理する必要がある、とあなたはこの3回を実行する必要があります。

db.collection.aggregate([ 

    // Un-wind the array's to access filtering 
    { "$unwind": "$studies" }, 
    { "$unwind": "$studies.samples" }, 
    { "$unwind": "$studies.samples.formdata" }, 

    // Group results to obtain the matched count per key 
    { "$group": { 
     "_id": "$studies.samples.formdata.GT", 
     "count": { "$sum": 1 } 
    }} 
]) 

理想的に、あなたの入力をフィルタリングします。おそらく、$ unwindの前後で$matchが処理され、$regexを使用して、ポイントのデータが "1"で始まるドキュメントと一致する可能性があります。

db.collection.aggregate([ 

    // Match first to exclude documents where this is not present in any array member 
    { "$match": { "studies.samples.formdata.GT": /^1/ } }, 

    // Un-wind the array's to access filtering 
    { "$unwind": "$studies" }, 
    { "$unwind": "$studies.samples" }, 
    { "$unwind": "$studies.samples.formdata" }, 

    // Match to filter 
    { "$match": { "studies.samples.formdata.GT": /^1/ } }, 

    // Group results to obtain the matched count per key 
    { "$group": { 
     "_id": { 
       "_id": "$_id", 
       "key": "$studies.samples.formdata.GT" 
     }, 
     "count": { "$sum": 1 } 
    }} 
]) 

すべての場合、「ドル$」というプレフィックス付きエントリは、ドキュメントのプロパティを参照する「変数」です。これらは、右側の入力を使用するための「値」です。左側の "キー"はプレーンな文字列キーとして指定する必要があります。キーに名前を付ける変数は使用できません。