私は中間的なシリアライゼーションやドームツリーの構築がないと考えていませんが、文字列へのシリアライズは最悪のオプションです。最良のオプションはおそらくTransformerHandlerにマーシャリングし、xsl変換を行い、domツリーを構築します。このツリーは、再度アンマーシャリングすることができます。これがどのように機能するかを示す(テストされていない)サンプルコードを次に示します。
Source xsl = ...
SAXTransformerFactory factory = (SAXTransformerFactory) TransformerFactory.newInstance();
TransformerHandler handler = factory.newTransformerHandler(xsl);
DOMResult result = new DOMResult();
handler.setResult(result);
marshaller.marshal(inputObject, handler);
transformedObject = unmarshaller.unmarshal(result.getNode());