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rJavaパッケージをR 2.14.1-9.1にインストールします。OpenSUSE 11.3です。私はthis質問を見ましたが、それはUbuntu用です。私はSun JDKをインストールし、それを使用するようにシステムを再構成しました。R 2.14とOpenSUSEでrJavaをインストールすると失敗する
[email protected]:~> java -version
java version "1.6.0_29"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_29-b11)
Java HotSpot(TM) Client VM (build 20.4-b02, mixed mode)
[email protected]:~>
EDIT 1： は、JDKおよびJREを更新しました。私はinstall.packages("rJava")を実行すると、わずかに異なるエラーがある、私は（新しいエラーが太字に掲載して終了される）エラーが発生して次の出力を得る：
> install.packages("rJava")
Installing package(s) into ‘/home/admin/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.14’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Loading Tcl/Tk interface ... done
trying URL 'http://ftp.iitm.ac.in/cran/src/contrib/rJava_0.9-3.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 537153 bytes (524 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 524 Kb
* installing *source* package ‘rJava’ ...
** package ‘rJava’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... gcc -std=gnu99
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E
checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep
checking for egrep... /usr/bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/wait.h that is POSIX.1 compatible... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking for string.h... (cached) yes
checking sys/time.h usability... yes
checking sys/time.h presence... yes
checking for sys/time.h... yes
checking for unistd.h... (cached) yes
checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking whether time.h and sys/time.h may both be included... yes
configure: checking whether gcc -std=gnu99 supports static inline...
yes
checking whether setjmp.h is POSIX.1 compatible... yes
checking whether sigsetjmp is declared... yes
checking whether siglongjmp is declared... yes
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver : '/usr/bin/jar'
compiler : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-1.6.0-sun-1.6.0/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-1.6.0-sun-1.6.0/jre/../include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-1.6.0-sun-1.6.0/jre/lib/i386/client -L/usr/lib/jvm/java-1.6.0-sun-1.6.0/jre/lib/i386 -L/usr/lib/jvm/java-1.6.0-sun-1.6.0/jre/../lib/i386 -L/usr/java/packages/lib/i386 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/admin/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.14/rJava’
The downloaded packages are in
‘/tmp/RtmpIFKEha/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rJava") :
installation of package ‘rJava’ had non-zero exit status
>
新しいエラーライン：
はJNIをチェックデータ型... configure：error：1つ以上のJNI型が、対応するネイティブ型と異なります。これを修正するには、非標準のコンパイラフラグまたは別のコンパイラを使用する必要があります。
R CMD javareconfをrootとして実行しました。それはcppフラグフィールドを空のままにします。私はこれが失敗している理由の一つだが、それを解決する方法は知らない。
dependencies = TRUEオプションを指定してこのインストールコマンドを試してみました。また、repoを明示的に指定することもできます（例：repo = "blah blah"）。何も働かなかった。
私はOpenSUSEのアップデート方法を知りません。しかし、SUSEのための簡単な方法はないと思われます.Ubuntuとは異なり、ステップは明らかにhereです。
何か助けていただければ幸いです。
です....エラーメッセージに表示されている指示に従って試してみましたか？ –
@JackManey： 'R CMD javareconf'を' root'として実行しました。 'cpp flags'フィールドは空のままにします。私はこれが失敗している理由の一つだが、それを解決する方法は知らない。 （ – Bhushan
）JDK（JREだけでなく）はインストールされていますか？ –