は、私は関係のリストが含まれているリレーショナルテーブルを持っているR

Question

を使用して関係テーブルから二者間の関係を生成します。あなたはこのテーブルと考えることができ

Party_A  Party_B 
a   b 
c   a 
d   b 
b   e 
... 

は（有向の情報が含まれています：方向がParty_Aからです〜Party_B）エッジをグラフに表示します。

このテーブルを、次のクエリをサポートするグラフモデルに変換できるパッケージがほしいと思っています。 類似度が最も一般的な入力エッジを持つものとして定義されています。

これを行うのに役立つRのパッケージはありますか？ありがとうございました。

Answer 1

ここであなたがそれに近づくことができ、一方向（Jaccard distanceを使用して）です：系統樹における距離を視覚化するために

df <- read.table(header=T, text="source  target 
a   b 
c   b 
a   e 
c   e 
f   g 
h   i 
a   i 
c   i") 
library(igraph) 
g <- graph_from_data_frame(df) 
m <- t(as_adjacency_matrix(g, sparse = F)) 
d <- dist(m[rowSums(m)>0, ], method = "binary") 

dm <- as.matrix(d); dm[upper.tri(dm, T)] <- NA 
idx <- which(dm == min(dm, na.rm=T), T) 
cbind(rownames(dm)[idx[, "row"]], colnames(dm)[idx[, "col"]]) 
#  [,1] [,2] 
# [1,] "e" "b" 

：

hc <- hclust(d) 
plot(hc) 

ニーズに距離尺度を調整します。