R - 大きなデータフレームのバイナリ時系列データを条件付きで合計する方法

Question

私はこの問題をあまりにも長く解決しようとしてきました。私は300 +年（行）と70 +ツリー（列）の年間時系列形式でバイナリ昆虫の大流行のデータを持っています。

同じ規模のデータフレーム/マトリックス/データテーブルを累積合計で条件付きで入力し、各アウトブレーク期間の終わりに0にリセットしたいと考えています。私は私の問題に翻訳することができない同様の質問/回答の富を見つけました。

私はこのようになりますデータフレームのスニペット、例えば、あるでしょう：

 t1 t2 t3 t4 t5 
2000 1 0 0 1 0 
2001 1 0 0 0 1 
2002 1 1 0 0 1 
2003 0 1 0 1 1 
2004 1 1 1 1 1 

をそして、私はこのようになります新しいDF作成したい：私は「

 t1 t2 t3 t4 t5 
2000 1 0 0 1 0 
2001 2 0 0 0 1 
2002 3 1 0 0 2 
2003 0 2 0 1 3 
2004 1 3 1 2 4 

を私はdata.tableパッケージとrleパッケージの両方に近づいていると感じましたが、私はまたたくさんのサークルに入っていました。（私は一度は1つのカラムでそれをやったことは確かですが、なぜすべての列のループで動かすことができなかったのか...）。

私はいつもにいくつかの限り、通常は単一の列を動作するように、以下の方法を得て、またはその単一の列が0 1 2 2 1 0代わりの0 1 2 3 4 0のように見えるかもしれませんが、シフトDFの上に1人の1 DFを追加しました。 data.table、dplyr、

rleは私があれば教えてください：

setDT(dt)[, new := t1 + shift(t1, fill = 0)] 


apply(
    rle(matrix)$lengths 
    , 2, seq) 
rle(matrix[,1])$lengths 


for(i in 1:dim(dt)[1]) { 
    for(j in 1:dim(dt)[2]) { 
    cols <- names(dt) # tried in place of .SD with negative results 
    if(dt[i,j] == 1) { 
     dt[, new := .SD + shift(.SD, 1L, fill = 0, type = "lag", give.names = TRUE)] 
    } else { dt } 
    } 
} 

私が使用したメインSO源のいくつかは、これらのページが含まれます。この場合に役立ちますいくつかの試みは、このように見てコードのバリエーションとなっています私は重要な情報が欠けている（私は新しい！）。 &何か助けてくれてありがとう！

Answer 1

我々はbase R

df2 <- df1 #create a copy of df1 
#loop through the columns of 'df2', apply the `rle`, get the 'sequence' 
#of 'lengths' and multiply with the column values. 
df2[] <- lapply(df2, function(x) sequence(rle(x)$lengths)*x) 
df2 
#  t1 t2 t3 t4 t5  
#2000 1 0 0 1 0 
#2001 2 0 0 0 1 
#2002 3 1 0 0 2 
#2003 0 2 0 1 3 
#2004 1 3 1 2 4 

Answer 2

あなたは、列自体のrleidでグループ化された各列のCUMSUMを計算するave機能と組み合わせるdata.tableを使用することができます。

library(data.table) 
setDT(dt)[, names(dt) := lapply(.SD, function(col) ave(col, rleid(col), FUN = cumsum))][] 

# t1 t2 t3 t4 t5 
#1: 1 0 0 1 0 
#2: 2 0 0 0 1 
#3: 3 1 0 0 2 
#4: 0 2 0 1 3 
#5: 1 3 1 2 4