R：複数のライブラリの場所を最新のパッケージと組み合わせる

Question

質問：最新のすべてのRパッケージを、R（と他のすべて）が使用する簡単な場所に移動するにはどうしたらいいですか？私のパッケージは永遠に？

RGedit、RCmdr、Rシェル、RStudioを使用してUbuntu 10.04でRを使いこなしています。一方、私はapt、synaptic、install.packages（）などでパッケージを更新し、パッケージを更新し、パッケージを更新しました。これらは明らかにこれらのパッケージがどこにでも置かれていることを意味します（そして時折sudoを投げ込みます）パーミッション。

現在、私は別の（繰り返し）パッケージの異なるバージョンを持っている：

/home/me/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.10 
/home/me/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.14 
/home/me/R/i486-pc-linux-gnu-library/ 
/usr/local/lib/R/site-library    
/usr/lib/R/site-library      
/usr/lib/R/library 

まず - ちょうど私、私は、複数のライブラリの場所を望んでいない - 私は、単一のマシン上で、単一のユーザーですそれが働くことを望みます。

第2 - 私は接続が極端に遅く、繰り返しパッケージをダウンロードし続けることができません。

これらのライブラリの場所を1つの簡単な場所に簡単にマージする方法はありますか？私は単にフォルダをコピーすることはできますか？

具体的にどのように設定するのですか？これはR関連のものがパッケージを探して更新する場所です。

これは悲惨です。

ありがとうございました。

Answer 1

から異なるものを返す可能性があることを疑うことはここに行く：Rパッケージディレクトリの組織への完全なバカのガイドを：

NB1 - これが私ですUbuntuの経験 - あなたの走行距離は変わる可能性があります NB2 - 私は1台のマシンで1人のユーザーです。

/usr/lib/R/site-library      
/usr/lib/R/library 

ディレクトリ：

Ubuntuがでやすくなる、またはシナプスを経由してインストールしたものを置きます。バニラRのインストールデフォルトでは、ここでパッケージをインストールしようとします：

/usr/local/lib/R/site-library 

これらはあなたがフレンドリーで要求される場合がありますRと相互に作用しているかの方法に応じて、ユーザーが書き込み権限を持っていないシステムディレクトリなので - "ねえ、バディ - そこに書き込むことはできません。あなたのパッケージをあなたのホームディレクトリに入れてほしいですか？"あなたはあなたのGUIや作業環境を決して変更しないと仮定して、無邪気で合理的だと思われます。そうした場合、新しいGUI /環境は、パッケージが置かれたディレクトリを探していない可能性があります。 （ほとんどのインターフェースはあなたの個人的なパッケージライブラリがどこにあるのかを指摘する方法を持っていますが、設定ファイルで悩んでいる人はいますか？）

私にとってはベストプラクティスのようです。私は間違っている）Ubuntuでのデフォルトのインストール設定では、基本的なRシェルからsudo：> sudo Rとしてパッケージ管理を行い、そこからinstall.packages()ブードーを実行することです。これはパッケージをusr/local/lib/R/site-libraryディレクトリに入れているようです。

/site-library/を想定して、コメントを追加何かを保持しながら/library/は、コアパッケージを持っているよう同時に、update.packages()は（/usr/lib/R/site-libraryとusr/lib/R/libraryディレクトリ内のファイルを更新するだけでなく、usr/local/lib/R/site-library

ますusr/lib/R/部門については、それが見えます彼らはただのディレクトリ（感謝@Tommy）を動かすことで）あなたはそれをINGのsudoあると仮定すると（任意のパッケージ以前にインストールし、間違った場所に/usr/local/lib/R/site-libraryディレクトリに移動することができがち...）

でインストールしたのですが、通りでした。 usr/lib/R/はaptによって制御されています - そこから何も追加または減算しないでください。

Whew。とにかく - 簡単で、簡単な言葉で。助けをいただき、ありがとうございました。

Answer 2

はい、ほとんどの場合、フォルダをコピーするだけです。しかし、NAMESPACEファイルを持たない2.14より前のパッケージは、おそらくすべてのパッケージに名前空間が必要なR 2.14では機能しません。複数のバージョンがあります...

.libPaths()と入力すると、Rがパッケージを探す場所がわかります。リストの最初は新しいパッケージがインストールされる場所です。私は.libPaths()が一緒に情報の様々なビットを縫い合わせた後RStudio対RCMDなど