2017-07-01 4 views
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GEOでの調査のために、データテーブルのヘッダーの説明、具体的には調査中のすべてのサンプルの「VALUE」列を取得したいと思います。GEOqueryを使用したGEOからのデータテーブルヘッダーの取得

go hereの場合は、スクロールしてサンプルの1つをクリックします。「GSM2644971」を選択します。次にスクロールダウンすると、「データテーブルヘッダーの説明」が表示され、「VALUE正規化(標準化方法を指定した場合)平均ベータ」と表示されます。その情報は私が望むものです。

私はBiobaseパッケージからassayData()を使用してみましたが、私はこの方法は、サンプル、サンプルのマトリックス、またはパラメータとして何かを取るかどうか知りませんでした。どうやらそれはS4を取ってランダムなテキストを返しますが、そのランダムなテキストの使い方はわかりません。


EDIT:たとえば

、私がない場合:

library(Biobase) 
library(GEOquery) 

getgeo<-getGEO("GSE99511") 
assayData(getgeo$GSE99511_series_matrix.txt.gz) 

私はassayData()を使用し、私はそれを返すようにしたいと思う:

提供

「正規化(正規化方式)平均ベータ "

その代わりに返します。

<environment: 0x110674178>

を私が使用する必要があり、別の方法があるかどう質問は意味を持たない場合、または私に知らせてください。

答えて

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あなたは、たとえば、exprs機能で規格化ベータ値を取得することができます。

e <- exprs(getgeo$GSE99511_series_matrix.txt.gz) 
head(e) 
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