オーバーレイ2 allEffectsグラフ

Question

私は、次のモデル

require(effects) 

fit<-lme(x ~ y, data, random= ~1|item) 
plot(allEffects(fit) 

fit2<-lme(x ~ y, data2, random = ~1|item) 
plot(allEffects(fit2) 

どのようにフィットし、fit2オーバーレイをプロットすることができますがありますか？ par（new = T）を試しましたが、うまくいきません。グラフは個別に細かくプロットされます。

Answer 1

非常にこれを行うには良い方法がありません。私は通常、効果構造から情報を抽出し、それをggplot（格子も可能です）でプロットします。

ここに例を示します。

library(effects) 
library(nlme) 
library(plyr) ## utilities 

は、標準的な例示的なデータセットの一つの第一および第二の半分にモデルをフィット：

fm1 <- lme(distance ~ age, random = ~1|Subject, 
      data = Orthodont[1:54,]) 
fm2 <- update(fm1, data = Orthodont[55:108,]) 
a1 <- allEffects(fm1) 
a2 <- allEffects(fm2) 

がefflistオブジェクトから情報を抽出します。これは完全に一般的ではない部分ですが、難しい部分は予測変数を取り除いています。便宜上

as.data.frame.efflist <- function(x) { 
    ldply(x, 
     function(z) { 
      r <- with(z,data.frame(fit, 
            var=variables[[1]]$levels, 
            lower,upper)) 
      return(plyr::rename(r,setNames(z$variables[[1]]$name,"var"))) 
     }) 
} 

、両方のモデルの結果を一緒に入れてldplyを使用します。

comb <- ldply(list(fm1=a1,fm2=a2),as.data.frame,.id="model") 

は今プロット：

library(ggplot2); theme_set(theme_bw()) 
ggplot(comb,aes(age,fit, 
       ymin=lower,ymax=upper, 
       colour=model,fill=model))+ 
    geom_line()+ 
    geom_ribbon(alpha=0.2,colour=NA)+ 
    geom_rug(sides="b") 

ラグプロットコンポーネントは、ここで少し愚かです。