Rのプロットを使って樹状図を使ってクラスタ化されたヒートマップをプロットする

Question

Rのplotlyという樹状図を持つクラスタヒートマップを作成する方法については、this exampleに従っています。

library(ggplot2) 
library(ggdendro) 
library(plotly) 

#dendogram data 
x <- as.matrix(scale(mtcars)) 
dd.col <- as.dendrogram(hclust(dist(x))) 
dd.row <- as.dendrogram(hclust(dist(t(x)))) 
dx <- dendro_data(dd.row) 
dy <- dendro_data(dd.col) 

# helper function for creating dendograms 
ggdend <- function(df) { 
    ggplot() + 
    geom_segment(data = df, aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend)) + 
    labs(x = "", y = "") + theme_minimal() + 
    theme(axis.text = element_blank(), axis.ticks = element_blank(), 
      panel.grid = element_blank()) 
} 

# x/y dendograms 
px <- ggdend(dx$segments) 
py <- ggdend(dy$segments) + coord_flip() 

# heatmap 
col.ord <- order.dendrogram(dd.col) 
row.ord <- order.dendrogram(dd.row) 
xx <- scale(mtcars)[col.ord, row.ord] 
xx_names <- attr(xx, "dimnames") 
df <- as.data.frame(xx) 
colnames(df) <- xx_names[[2]] 
df$car <- xx_names[[1]] 
df$car <- with(df, factor(car, levels=car, ordered=TRUE)) 
mdf <- reshape2::melt(df, id.vars="car") 
p <- ggplot(mdf, aes(x = variable, y = car)) + geom_tile(aes(fill = value)) 

mat <- matrix(unlist(dplyr::select(df,-car)),nrow=nrow(df)) 
colnames(mat) <- colnames(df)[1:ncol(df)-1] 
rownames(mat) <- rownames(df) 

# hide axis ticks and grid lines 
eaxis <- list(
    showticklabels = FALSE, 
    showgrid = FALSE, 
    zeroline = FALSE 
) 

p_empty <- plot_ly(filename="r-docs/dendrogram") %>% 
    # note that margin applies to entire plot, so we can 
    # add it here to make tick labels more readable 
    layout(margin = list(l = 200), 
     xaxis = eaxis, 
     yaxis = eaxis) 

subplot(px, p_empty, p, py, nrows = 2, margin = 0.01) 

できます：ここでは例です、私は少しそれが私の本当の上で高速に実行するので、私の場合にヒートマップがplotlyはなくggplotで生成されるようにコードを変更し

ビッグデータ、それゆえ私は：

heatmap.plotly <- plot_ly() %>% add_heatmap(z=~mat,x=factor(colnames(mat),lev=colnames(mat)),y=factor(rownames(mat),lev=rownames(mat))) 

そして：

与え210

subplot(px, p_empty, heatmap.plotly, py, nrows = 2, margin = 0.01) 

：

を私の質問は以下のとおりです。私は、彼らは両方のプロットにそうであるようにヒートマップの行と列のラベルが切断されませもらうにはどうすればよい

1. ？

2. 2番目の図では、colorerのラベルが「mat」に変更されています。どのようにそれを防止するための任意のアイデア？

3. ヒートマップとデンドログラムのマージンを変更するにはどうすればよいですか？

Answer 1

は、どのように私は、彼らは両方のプロットにそうであるようにオフ>カット得ることはありませヒートマップの行と列のラベルを得るのですか？

プロットがcolorerのラベルが2番目の図では「マット」に変更され

sply <- subplot(px, p_empty, heatmap.plotly, py, nrows = 2) 
sply <- layout(sply, 
       margin = list(l = 150, 
          r = 0, 
          b = 50, 
          t = 0 
          ) 
       ) 

を発生させた後margin秒を設定してみてください。任意の アイデアを防ぐ方法は？

これを防ぐ方法はありませんが、ラベルを上書きすることはできます。私はヒートマップと系統樹間の余白を変更するにはどうすればよい

sply$x$data[[3]]$colorbar$title <- 'mat' 

？

各サブプロットの軸ごとにdomainを指定できます。 yaxisは、左上隅のプロットに対応し、yaxis2は、そのすぐ隣のプロットに対応します。

距離を大きくするほど効果が上がります。plotlyで完全に動作するクラスタのヒートマップを作成

sply <- layout(sply, 
       yaxis = list(domain=c(0.47, 1)), 
       xaxis = list(domain=c(0, 0.5)), 
       xaxis3 = list(domain=c(0, 0.5)), 
       xaxis4 = list(domain=c(0.5, 1)), 
       ) 

---

pl <- subplot(px, p_empty, p, py, nrows = 2) 
heatmap.plotly <- plot_ly() %>% add_heatmap(z=~mat,x=factor(colnames(mat),lev=colnames(mat)),y=factor(rownames(mat),lev=rownames(mat))) 
sply <- subplot(px, p_empty, heatmap.plotly, py, nrows = 2) 
sply$x$data[[3]]$colorbar$title <- 'mat' 
sply <- layout(sply, 
       yaxis = list(domain=c(0.47, 1)), 
       xaxis = list(domain=c(0, 0.5)), 
       xaxis3 = list(domain=c(0, 0.5)), 
       xaxis4 = list(domain=c(0.5, 1)), 
       margin = list(l = 150, 
          r = 0, 
          b = 50, 
          t = 0 
          ) 


       ) 

sply 

Answer 2

は、それが最初に見えるかもしれませんように単純ではありません。幸いなことに、heatmaplyというRパッケージがあります。機能の多くの例はonline vignetteにあります。

例えば

：

install.packages("ggplot2") 
install.packages("plotly") 
install.packages("heatmaply") 

library(heatmaply) 
heatmaply(scale(mtcars), k_row = 3, k_col = 2) 

この図は完全にインタラクティブである（両方のヒートマップおよび樹状図から）。 dendextend（ggdendroのより開発されたバージョンで、ブランチカラー/ラインタイプ/ライン幅も考慮に入れることができます）

特にsetting the margins of the dendrogramsは未解決の問題ですおそらくすぐに解決されるでしょう。