2016-04-15 1 views
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次の行を生成するには、Linuxのループをどのように使用するのですか?ループは連続したコマンドラインをエコーし​​ますか?

zcat ~/tools/sample66621D.fastq | bowtie2 -a - | samtools ->sample66621D.BAM 
zcat ~/tools/sample66622D.fastq | bowtie2 -a - | samtools ->sample66622D.BAM 
zcat ~/tools/sample66623D.fastq | bowtie2 -a - | samtools ->sample66623D.BAM 

私が試してみた:

for ((a=21;a<=23;a++)) 
    echo "zcat ~/tools/sample666$aD.fastq | bowtie2 -a - | samtools ->sample666$aD.BAM" 
done 
を、それは3つの同一のラインであることをなりました。

zcat ~/tools/sample666.fastq | bowtie2 -a - | samtools ->sample666.BAM 
zcat ~/tools/sample666.fastq | bowtie2 -a - | samtools ->sample666.BAM 
zcat ~/tools/sample666.fastq | bowtie2 -a - | samtools ->sample666.BAM 

おかげ

答えて

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$aD有効な変数名です。変数名は大括弧で区切る必要があります(例:${a})。

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ありがとうございます。これらのエコーコマンドラインをrun.shファイルに出力するのはどうですか? - >ここでは機能しませんでした。 – Ming

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