2016-05-07 12 views
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私はバイオテクノロジーソフトウェアpymolを実行しようとしています。 cmd.pyモジュールが見つかりません。しかし、それは$ PYTHONPATHにあるディレクトリにあります。なぜpymolを開始できないのですか?

[mzhKU_work] @ modules $ python launch_pymol.py 
Traceback (most recent call last): 
    File "launch_pymol.py", line 32, in <module> 
    import pymol 
    File "/Users/mzhKU_work/software/pymol/modules/pymol/__init__.py", line 521, in <module> 
    import pymol._cmd 
ImportError: No module named _cmd 

[mzhKU_work] @ modules $ ls ./pymol/ 
__init__.py   exporting.py   opengl 
__init__.pyc   externing.py   parser.py 
api.py    feedingback.py  parsing.py 
callback.py   fitting.py   plugins 
cgo.py    gui.py    povray.py 
checking.py   gui.pyc    preset.py 
cmd.py    headering.py   querying.py 
cmd.pyc    helping.py   rpc.py 
colorramping.py  importing.py   selecting.py 
commanding.py  internal.py   selector.py 
completing.py  invocation.py  setting.py 
computing.py   invocation.pyc  shortcut.py 
constants.py   keyboard.py   util.py 
constants_palette.py keywords.py   vfont.py 
contrib    locking.py   viewing.py 
controlling.py  m4x.py    wizard 
creating.py   menu.py    wizarding.py 
editing.py   monitoring.py  xray.py 
editor.py   morphing.py   xwin.py 
embed    movie.py    xwin.pyc 
experimenting.py  moving.py 

[mzhKU_work] @ modules $ echo $PYTHONPATH 
[...]/Users/mzhKU_work/software/pymol/modules:/Users/mzhKU_work/software/pymol/modules/pymol:/Users/[...] 
[mzhKU_work] @ modules $ 

何が問題なのですか?

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'/ Users/mzhKU_work/software/pymol/modules/pymol /'ディレクトリを開き、_cmd.so'をチェックすることができますか(または、ネイティブライブラリの拡張機能がシステム上にあるかどうか、私はMac OS X)がディレクトリにありますか? PyMolは通常 'cmd.py'と' _cmd.so'に同梱されていますので、どちらのファイル名の変更も良い解決策ではありません。 –

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ああ待って、問題は、 '_cmd.so'の欠如と思われる。 PyMolはどこからインストールしましたか?あなたはHomebrew/MacPorts、学生版、または別のインストーラを使いましたか? –

答えて

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インポートしようとしているモジュールがで、cmdではありません。

問題はライブラリのバグのように見えますが、開発者に報告することができます。

一時的な解決策として、cmd.py_cmd.pyにコピーできます。

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正常にライブラリにバグはありません。 Pymolは通常、パッケージマネージャ(例えばHomebrew、aptitude、Yumなど)でOpenSourceのバージョンを使用する場合を除いて、独自の実行可能ファイルを持っています。システムPythonを使用するのは正しいアプローチではありません。 また、 '_cmd'はネイティブバイナリとしてコンパイルされ、cmd.pyはPython実行可能ファイルとして提供される必要があります。私はそれがネイティブライブラリの問題だと思います(それが見つからない理由です)。 –

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