私はまったく同じ問題を抱えています。 OSX 10.7.5でIndesign CS5.5を実行しています。
最初のページオプションセットをラスタライズするcoverオプションを使用して、エフェクトをエクスポートしたepubを作成できます。しかし、表紙の外部グラフィックファイル（オプション3）に変更すると、章タイトル段落スタイル設定に設定されているすべての改ページだけでなく、目次も失われます。私は別のフォーラムで得たことを応答貼り付けています
：
OK、それは間違いなくあなたのファイルか何かあなたがやっているではありません。
InDesign CS5.5では制限があります。それはやっていることをやっていない。あなたの独立した表紙画像を使うことができるように、XHTMLとCSSを実際に書いているわけではありません。
私はEPUBを作成する際にInDesign CS5.5を使用していました。私は主にElizabeth CastroとAnne-Marie Concepcionのビデオを使っていました。 ElizabethのEPUB作成に関する最初のEPUBで、カバーのためのXHTMLファイルを作成し、コードを書いて（どのように表示したのか）、いくつかの変更を加えなければならなかった私が以前に説明した他のファイルで。
初めてEPUBを作成し始めたとき、CS5.5にはラスタライズ・ファースト・ページ方式がありました。私は独立したカバーファイルの方法を試みたことはありません。 Anne-Marieは彼女のInDesign CS5.5からEPUBビデオにも表示しません。
私はCS6を使い始めたばかりで、私は独立した方法を試してみました。私はCS5.5でそれを試したことはありません。すべてが正しく書かれているわけではありません
CS5.5を引き続き使用する場合は、コードを変更して作成する必要があります。エリザベス・カストロのEPUBを拾うことをお勧めします。 EPUBストレートポイントに - -
フォーマットの電子ブックエリザベス・カストロが
あなたがカバーを作成>内の指示にEPUBファイルを見つけることができます：ここにリンクがあります。
「CoverImage.xhtml」ファイルをOEBPSフォルダに追加するには、EPUBエディタを使用する必要があります。
次にあなたがOEBPSで「画像」フォルダにJPEGファイルを追加する必要があります（または画像フォルダを作る）よ
次に、あなたは、「コンテンツの三つの部分を編集する必要があります。OPF」ファイル：メタデータには、マニフェストに、および脊椎へ
//////////////////
私が今いることを確認しようとしています。 CS6は実際に正常に動作します。