私はBioconductorでこの質問をしましたが、それはSPIAパッケージに固有のものでしたが、返信を受け取っていないので、ここでより広範な聴衆に届くように投稿しています。SPIA :: spia関数の出力
KEGGRESTパッケージを使用して134のMalus domestica（ 'mdm'）パスウェイをダウンロードし、makeSPIAdata（）関数を使用してspiaデータを正常に作成しました。私は2つの異なるリンゴHoneyCrispとCripps Pinkの経路を評価するためにこのライブラリを利用しています。その後、私はspia（）関数を呼び出し、それが完了した後、それは「完了」という10の経路しか示さなかった。
長さ（dir（mydir））＃134 Malus kgml/xmlパスウェイファイルを含むディレクトリ。 [1] SPIA 134
（）は、私のSPIA入力ベクトル 'デ' と 'すべて' は、243のユニークなプローブセットを含有し、そしてIは、各プローブセットの平均logFCを取りました。このデータセットは、adj.P.Value < 0.001のtopTable limma結果のサブセットです。以下はHoneyCrispリンゴ（HC）の実行です。
res<-spia(de=DE_malus_HC, all=entrez_only, organism="mdm", nB = 2000,
pathids = NULL, data.dir="./", combine = 'fisher', plots = TRUE)
Done pathway 1 : RNA transport..
Done pathway 2 : RNA degradation..
Done pathway 3 : MAPK signaling pathway - plant..
Done pathway 4 : Plant hormone signal transduct..
Done pathway 5 : Sulfur relay system..
Done pathway 6 : SNARE interactions in vesicula..
Done pathway 7 : Autophagy..
Done pathway 8 : Protein processing in endoplas..
Done pathway 9 : Plant-pathogen interaction..
Done pathway 10 : Circadian rhythm - plant..>
res[ , -12] #Showing RES for HoneyCrisp Apples
Name ID pSize NDE pNDE tA pPERT pG pGFdr pGFWER
Status
1 MAPK signaling pathway - plant 04016 4 4 1
24.29737166 0.160 0.4532130 1 1 Activated
2 Plant hormone signal transduction 04075 14 14 1
11.93279398 0.292 0.6514524 1 1 Activated
3 Circadian rhythm - plant 04712 3 3 1
9.17881852 0.440 0.8Activated
4 Plant-pathogen interaction 04626 2 2 1
0.02234003 0.987 0.9999151 1 1 Activated
5 Protein processing in endoplasmic reticulum 04141 1 1 1
0.00000000 NA 1.0000000 1 1 Inhibited
私は、これらの結果はエキサイティングですが、私は確認するためにいくつかの質問を持っている
res<-spia(de=DE_malus_CP, all=entrez_only_CP, organism="mdm", nB = 2000,
pathids = NULL, data.dir="./", plots = TRUE)
Done pathway 1 : RNA transport..
Done pathway 2 : RNA degradation..
Done pathway 3 : MAPK signaling pathway - plant..
Done pathway 4 : Plant hormone signal transduct..
Done pathway 5 : Sulfur relay system..
Done pathway 6 : SNARE interactions in vesicula..
Done pathway 7 : Autophagy..
Done pathway 8 : Protein processing in endoplas..
Done pathway 9 : Plant-pathogen interaction..
Done pathway 10 : Circadian rhythm - plant..>
res[, -12]
Name ID pSize NDE pNDE tA pPERT pG pGFdr pGFWER Status
1 Plant hormone signal transduction 04075 4 4 1 -0.4086641 0.812
0.981103 1 1 Inhibited
2 Protein processing in endoplasmic reticulum 04141 1 1 1
0.0000000 NA 1.000000 1 1 Inhibited
... DEはクリップスピンク（CP）りんごに設定された評価する「MDM」ライブラリを使用
1）印刷された「完了」経路リストとは何ですか？また、134の経路すべてではなく10の経路しか印刷しないのはなぜですか？
2）HCおよびCP結果の小胞体におけるタンパク質プロセシングについては、pPERT = 'NA'であるにもかかわらず、なぜこの経路がリストにあるのか。したがって、他の「完了」経路（RNA輸送、RNA分解、オートファジーなど）はどのようにしてres出力に現れませんか？このタンパク質は、tA = 0、pG = 1およびpPERT = 'NA'の場合、小胞体経路におけるプロセシングは有意であると考えられるか？
3）pSizeとNDEが同じであるとは思わなかったので、すべてのpNDEが1に等しいです...なぜpSizeとNDEが同じ値ですか？
4）243 HC DEプローブデータセットの倍数変化値は+3.25から-4.38の範囲です。私はadj.P.Value < 0.001の遺伝子プローブセットから始めているので、nBの値を100としたが、nB = 2000の場合と同じ結果が得られた。 127 CP DEプローブデータセットでこれを実行した場合も同様です。どうしてこれなの？
これを読んでいただきありがとうございました。私は可能な限り多くの情報を簡潔に記載しました。私は、このSPIAパッケージをビネットとリファレンスマニュアルで説明されているよりも少し詳細に理解しようとしています。
まもなくご連絡をお待ちしています。
おかげで、
フランクリン