Apacheでサブプロセスを使用しているときに「コマンドが見つかりません」というエラーが発生しました。

Question

開発サーバーから運用サーバーにdjangoプロジェクトを移動しようとしています。私は1つ（BIG）の例外を除いて、ほとんどすべてをアイロンで仕上げました。私は端末で（python manage.py shellを使用して）次のコードを実行するとうまく動作しますが、Apacheサーバ（mod_wsgi）を実行しても正常に動作しません。

マイコード：私は、端末を介して実行した後、私は私のログファイルncbi_error_log.logを見ると

... 
    blastn_cline = NcbiblastnCommandline(query=filepath, db=db, evalue=0.1, outfmt=5, out=out, task="blastn-short", dust="no") 
    process = subprocess.Popen(str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE) 
    proc_out, proc_err = process.communicate() 
    err_log = open('/Users/basehunt/logs/ncbi_error_log.log', 'a+') 
    err_log.write("\n"+str(datetime.datetime.now())+": "+str(proc_err)) 
    err_log.close() 
    ... 

私は（一例として）を取得：

2011-12-17 12:30:54.771292: 

のでエラーなし。私は私のapacheサーバを介して実行したときしかし、私が取得：

2011-12-17 12:28:59.755323: /bin/sh: blastn: command not found 

が、私はこの問題を解決するために広く検索しようとしていますが、修正を与える何かを見つけることができません - 私は紛れも何かが足りないのです願っていても明らかに私はこれをすぐに並べ替えることができます。

追加情報：

• OS X Snow Leopardの

• Pythonのバージョン2.7.2

• ジャンゴ1.3

• PATHは、BLASTN

とディレクトリが含まれています

ご覧になりたい追加コードがある場合は、お知らせください。

を解決：

process = subprocess.Popen(str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE) 

を変化させることにより

process = subprocess.Popen('/Users/basehunt/BLAST/ncbi-blast-2.2.25+/bin/'+str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE) 

に機能することが絶対指すために。どうもありがとう。あなたは、実行中のプログラムへのフルパス名を使用しなければならないのApache/mod_wsgiの下で実行されている、または任意のファイルは、そのことについてはアクセスされて

Answer 1

。これは、ユーザーのPATHが継承されていないか、Apacheで使用されていないためです。プロセスの現在の作業ディレクトリも何でもよいので、相対パスにも依存することはできません。

ので、代わりに単に「BLASTN」、使用「/いくつかの/パス/ BLASTN」は、プログラムが置かれている場所へのフルパスを「/ /いくつかの/パス」を交換します。