Pythonで開くファイルのパスを指定する方法がわかりません

私はPythonの新しいユーザーです。私はgenbankとfasta形式のファイルをインポートしようとしました。ドキュメントには、データセットをPythonにインポートする方法を示す例があります。Pythonで開くファイルのパスを指定する方法がわかりません

from Bio import SeqIO 

for seq_record in SeqIO.parse("ls_orchid.gbk", "genbank"): 
    print seq_record.id 
    print repr(seq_record.seq) 
    print len(seq_record)

は今、彼らはBiopythonのソースコードが真である、このファイルが含まれていることを14ページに言及：は、具体的には、彼らがBiopythonチュートリアルおよびクックブック、16ページで、次の例を提供します。しかし、Pythonは、Bio import SeqIOを使ってファイルが正確にどこにあるのかをどのように知っていますか？ biopythonとそのコンポーネントをインストールした後に上記のコードを試しましたが、それはうまくいかなかったことに注意してください。

また、genbankファイルのパスを指定して、何とか開くことができます。

は

出典

2012-02-12 modi2020

など

としてNCBIからの任意のGenBankファイルをダウンロードしたディレクトリに追加し、またはその場所を指定することができます。 Biopythonには、確認するデフォルトのパスのリストがあります。 – Blender

あなたはこのチュートリアルが最初に書かれたとき

をあなたのローカルディレクトリにファイルをコピーする必要がありhttp://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc10

によると、この検索は、私たちだけで94 ヒットを与えたありがとうFASTAフォーマットのテキストファイルとして保存され、フォーマットのテキストファイル（ファイルls_orchid.fastaおよびls_orchid.gbk、、のもとにBiopythonソースコードに含まれています）として保存されましたdocs/tutorial/examples /）。

今日検索を実行すると、何百もの結果が得られます！チュートリアルの後にの遺伝子がある場合は、を上記の2つのファイルをダウンロードするか、のBiopythonソースコードのdocs/examples /からコピーしてください。 2.5節では、Python内から検索を行う方法を見ていきます。

出典

2012-02-12 19:07:42

ありがとうございました。だから私はソースコード内のファイルが表示されますが、Windows用の.exeバージョンがインストールされており、 "docs/tutorial/examples /"パスがまったく作成されていないことがわかります。私は現在、ソースコードを使ってBio Pythonをインストールしています。 – modi2020

-1

私はCにGenBankおよびFASTAを置く：\ Python27 私は、このようなNewickの、PhyloXMLなどの他のファイル形式のすべての種類を解析することができ、など Uは、詳細については、開発者にお問い合わせください

出典

2012-04-15 21:32:43 Putra

それはあなたのようですls_orchid.gbkファイルをPythonスクリプトと同じディレクトリに保存する必要があります。そうしないと、ファイルへのフルパスを指定する必要があります。また、単にPythonは通常、現在のフォルダにチェックfor seq_record in SeqIO.parse("~/File Location/File Name", "genbank")

出典

2013-04-07 00:18:34 sreisman

Pythonで開くファイルのパスを指定する方法がわかりません

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