PCoAのコードスキャッタプロットの色付け方法

Question

ですので、これは初めてです。 PCoAを以下のデータマトリクスで実行する必要があります。私は、ADE4、labdsv、Ginko、Aabelソフトウェアを使用して分析を実行することができます。私にとって気になるのは、散布図のラベルにカラーコードを付ける方法です。

SpecieName Value1 Value2 
A1   0  1 
A2   1  1 
A3   1  1 
B1   0  0 
B2   0  1 
E1   1  0 
E2   0  0 

私がしたいことは黒でA1、A2、およびA3赤で、B1とB2ブルーで、すべてのEものを表現することです：私の行列が順に存在/不在行列です。どんな助けもありがとう。

Answer 1

だけで作図コマンドにこれらのグループを表し要因に渡す：あなたは特定色を設定したい場合は、カスタムリストに常にインデックスすることができ、また

data = read.table('data.txt', header=T) 

data.pca = prcomp(data[,-1]) 

groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName)) 

plot(data.pca$x, col=groups) 

同じ方法：

cols = c('red', 'blue', 'black')[groups] 
plot(data.pca$x, col=cols)