Rスクリプトからsweaveを実行します。 Rnwファイルはプロジェクトディレクトリのすぐ下のRnwディレクトリにあります。私はこれを試しましたRスクリプトからRを実行する（Rnw）ファイル
system("Rnw/compilePDF.Rnw")
そして、この応答を得ました。
sh: Rnw/compilePDF.Rnw: Permission denied
.Rnwファイルのアクセス許可は-rw-r-r--ですが、問題ではないと思われます。
解決策は、次のコードを含めることです。 SweaveのデフォルトはASCIIで、このエフェクトにエラーを返すため、エンコーディングが必要です。
Sweave("Rnw/compilePDF.Rnw", encoding = "UTF-8")
コマンドの出力は
Writing to file compilePDF.tex
Processing code chunks with options ...
You can now run (pdf)latex on ‘compilePDF.tex’
を使用し、PDFにこれを変換することです
tools::texi2pdf("Rnw/compilePDF.tex")