ネットワークを構築するための相関行列

Question

2つの行列（正則相関分析）のためにRでMixOmicsパッケージを使用しましたが、結果の相関行列があります。得られた結果から相関ネットワークを構築したいと思います。私は以前、遺伝子セット相関分析パッケージを使用することを考えましたが、どのようにインストールするのか分かりませんし、インターネットにRをインストールするソースもありません（http://www.biostat.wisc.edu/~kendzior/GSCA /）。

また、相関行列を入力としてネットワークを構築するために使用できる他のパッケージを教えてください。私はRgraphvizを考えましたが、可能かどうかはわかりません。

Answer 1

https://stackoverflow.com/a/7600901/567015

qgraphパッケージで私の前の回答から、主にこの答えをコピーするには、主にネットワークとして相関行列を視覚化することを意図しています。これは、変数をノードと相関関係をノードを接続するエッジとしてプロットします。緑のエッジは正の相関を示し、赤のエッジは負の相関を示します。エッジがより広く飽和するほど絶対相関が強くなります。

たとえば、これはヘルプページの最初の例です。次のコードは、240変数データセットの相関行列をプロットします。

library("qgraph") 
data(big5) 
data(big5groups) 
qgraph(cor(big5),minimum=0.25,cut=0.4,vsize=2,groups=big5groups,legend=TRUE,borders=FALSE) 
title("Big 5 correlations",line=-2,cex.main=2) 

することもできます一緒に強く相関したノードをクラスタ化（使用Fruchterman-Reingold）自分の相関行列の構造が実際にどのように見えるのは非常に鮮明な画像を作成：

を

詳細はhttp://www.jstatsoft.org/v48/i04/paper

Answer 2

CRANのnetworkパッケージとsnaパッケージもご覧ください。どちらも、マトリックスをネットワークデータオブジェクトに変換するためのツールを含みます。