Rチャンクを実行した後にknitr :: kableがきれいに印刷されない

Question

この奇妙な動作がkableに気づきました。

> knitr::kable(head(iris, 3)) 


| Sepal.Length| Sepal.Width| Petal.Length| Petal.Width|Species | 
|------------:|-----------:|------------:|-----------:|:-------| 
|   5.1|   3.5|   1.4|   0.2|setosa | 
|   4.9|   3.0|   1.4|   0.2|setosa | 
|   4.7|   3.2|   1.3|   0.2|setosa | 

ここで、ファイル>新規ファイル> Rノートブックを実行します。デモノートが作成され、1つのチャンクにはplot(cars)が含まれています。ノートブック内でそのチャンクを実行してください。

> plot(cars) 

次に、テーブルを再度印刷してください。今回は出力が異なって見えます。どうして？

> knitr::kable(head(iris, 3)) 
[1] "| Sepal.Length| Sepal.Width| Petal.Length| Petal.Width|Species |" 
[2] "|------------:|-----------:|------------:|-----------:|:-------|" 
[3] "|   5.1|   3.5|   1.4|   0.2|setosa |" 
[4] "|   4.9|   3.0|   1.4|   0.2|setosa |" 
[5] "|   4.7|   3.2|   1.3|   0.2|setosa |" 
attr(,"format") 
[1] "markdown" 
attr(,"class") 
[1] "knit_asis" 
attr(,"knit_cacheable") 
[1] NA 



> packageVersion("knitr") 
[1] ‘1.17’ 


> sessionInfo() 
R version 3.3.3 (2017-03-06) 
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit) 
Running under: OS X El Capitan 10.11.6 

locale: 
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8 

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] tools_3.3.3 highr_0.6 knitr_1.17 


> RStudio.Version() 
$citation 

To cite RStudio in publications use: 

    RStudio Team (2016). RStudio: Integrated Development for R. RStudio, 
    Inc., Boston, MA URL http://www.rstudio.com/. 

A BibTeX entry for LaTeX users is 

    @Manual{, 
    title = {RStudio: Integrated Development Environment for R}, 
    author = {{RStudio Team}}, 
    organization = {RStudio, Inc.}, 
    address = {Boston, MA}, 
    year = {2016}, 
    url = {http://www.rstudio.com/}, 
    } 


$mode 
[1] "desktop" 

$version 
[1] ‘1.0.153’ 

Answer 1

あなたはそのチャンクを実行すると、検索リストにtools:rstudio環境はknitrパッケージ内の内部と異なるprint.knitr_kableと呼ばれる機能を追加するために変更されます。ここで

は私が前に見たものです。

> ls("tools:rstudio") 
[1] "debugSource"    "knit_with_parameters"  
[3] "registerShinyDebugHook" "RStudio.Version"   
[5] "rstudioDiagnosticsReport" "RStudioGD"    
[7] "source.with.encoding" 

、ここでは、私が後に見たものです。何らかの理由で

> ls("tools:rstudio") 
[1] "debugSource"     "dplyr_tibble_print_original" 
[3] "knit_with_parameters"  "print.knitr_kable"   
[5] "registerShinyDebugHook"  "RStudio.Version"    
[7] "rstudioDiagnosticsReport" "RStudioGD"     
[9] "source.with.encoding" 

、tools:rstudio機能ではなく、元の一つで実行されます。私はdetach("tools:rstudio")を実行して元の動作を元に戻すことができますが、それはRstudioをいくつかの方法で混乱させるので、推奨しません。あまり極端な方法は、

e <- as.environment("tools:rstudio") 
e$print.knitr_kable <- knitr:::print.knitr_kable 

を言うことですが、それは続かない：あなたは、ノートブックでチャンクを実行するたびにRStudioは明らかにそれを修正します。印刷するたびに明示的な呼び出しを行うこともできます（例：

knitr:::print.knitr_kable(knitr::kable(head(iris, 3))) 

おそらく最良の解決策は、それがそうでなければRStudioのノートブックとかなり印刷で実行した場合RStudioが何を望んでい、またはRStudioはそれがノートブックにないときknitr機能を実行するように変更するために変更することknitrためでありますしかし、これは大きな優先事項ではないと私は想像しています。ノートブックを使っているのであれば、コンソールで何を見ているのですか？