Grepコマンドエラー

Question

grepコマンドを使用して、リストに基づいてファイルをフィルタリングしました。

grep -w -F -f list.txt file1.tsv > file2.tsv

しかし、それは同様に私にいくつかの余分な行を与えています。私のリストには2130の値がありますが、file2には2213のユニークな行があります。ここにfile1の最初の数行があります。

Variant   Gene    
    rs1042714  ADRB2     
    rs2297480  FDPS   
    rs12248560  CYP2C19  

ここにList.txtのいくつかの行があります。

rs228729 
rs228642 
rs228666 
rs2640909 

リストファイルに基づいてファイルをフィルタするにはどうすればよいですか？

Answer 1

コマンドは、コマンドを確認するには、正しいです：

grep -w -F -f list.txt file1.tsv > file2.tsv 

は試合を反転する-vと同じコマンドを実行します。file2.tsv.invert

の

grep -v -w -F -f list.txt file1.tsv > file2.tsv.invert 

チェック内容をファイルを使用してテストしてください（すべての結果は正常です）：

grep -w -F -f list.txt file2.tsv.invert | wc -l 
> 0 # it's ok 

wc -l file2.tsv.invert file2.tsv # total must be equal to file1.tsv 
> 2544 file2.tsv.invert 
> 2997 file2.tsv 
> 5541 total 

wc -l file1.tsv 
> 5541 file1.tsv 

すべてがOKです！