newick文字列形式の距離行列を系統樹に変換する

Question

FASTAファイルを読み込んで距離行列を作成しましたが、今はnewick文字列形式の系統樹を生成する関数を書くように求められています。関数は1つの引数に距離行列をとります。あなたはいくつかのコードで始めて助けてください。

フォーマット例：

プリント（UPGMA（エドワーズ））

（E：17.00、（（（（F：0.50、B：0.50）：5.75、G：6.25）：2.00、（ D：4.00、A：4.00）：4.25）：6.25、C：14.50）：2.50）

Answer 1

BioPythonのSeqタイプにはiter_kmerメソッドがありません。おそらく、同等のクラスをskbioから探していますか？ http://scikit-bio.org/docs/0.4.2/generated/skbio.sequence.GrammaredSequence.iter_kmers.html