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pip install pymcを使用してPyMCをインストールしようとしています。私はこのコマンドがPyMC 2.3.6をインストールすべきだと考えています。pipでPyMCインストールエラー

PyMCには、私のPATHにある数少ないdependenciesがあります。私はOSX 10.11.2を実行しており、PATHにはPython 2.7.13、NumPy 1.12.0、Matplotlib 2.0.0、gcc、gfortranが含まれています。

Homebrewを使用してPython(pipを含む)をインストールしました。 NumPyとMatplotlibをpipでインストールしました。このインストールの目的で、gfortranコンパイラがダウンロードされ、GCC Wikiからインストールされました。

pip install pymcを実行すると、次の行を含む多くの出力が生成されました。


Collecting pymc 
    Using cached pymc-2.3.6.tar.gz 
    Complete output from command python setup.py egg_info: 
    running egg_info 
    running build_src 
    build_src 
    building extension "pymc.flib" sources 
    f2py options: ['skip:ppnd7'] 
    f2py:> build/src.macosx-10.11-x86_64-2.7/pymc/flibmodule.c 
    creating build 
    creating build/src.macosx-10.11-x86_64-2.7 
    creating build/src.macosx-10.11-x86_64-2.7/pymc 
    IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'skip:ppnd7'. Skipping file "skip:ppnd7". 
    updatevars:gradlike: attempt to change 'dimension(nx)' to 'dimension(na)'. Ignoring. 
    updatevars:gradlike: attempt to change 'dimension(nx)' to 'dimension(nb)'. Ignoring. 
    updatevars:gradlike: attempt to change 'dimension (nmu)' to 'dimension(nmu)'. Ignoring. 
    updatevars:gradlike: attempt to change 'dimension (na)' to 'dimension(na)'. Ignoring. 
    rmbadname1: Replacing "index" with "index_bn". 
    Reading fortran codes... 
     Reading file 'pymc/flib.f' (format:fix,strict) 
    Line #34 in pymc/flib.f:"  PARAMETER (infinity = 1.7976931348623157d308)" 
     get_parameters: got "unexpected EOF while parsing (<string>, line 0)" on '' 

...

Traceback (most recent call last): 
    File "<string>", line 1, in <module> 
    File "/private/var/folders/2f/cr97n5v93mn04c3qbqd7r3q40000gn/T/pip-build-6Zmgcz/pymc/setup.py", line 124, in <module> 
    **(config_dict)) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/core.py", line 169, in setup 
    return old_setup(**new_attr) 

...

---------------------------------------- 
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /private/var/folders/2f/cr97n5v93mn04c3qbqd7r3q40000gn/T/pip-build-6Zmgcz/pymc/ 

egg_infoエラーに関するこれら2つのピップインストールスレッド[12]で提案されているように、私は走ったpip install —upgrade setuptoolsおよびpip install ez_setup。これらの項目がインストールされると、私は上記のエラーと同じ種類のエラーが発生しました。

他のパッケージのインストールスレッドに記載されているように、これらの問題を解決できない場合は、condMCを使用してPyMCをインストールします。しかし、まずこのインストールの問題を調査したいと思います。

誰でも私の問題が何であるか知っていますか?ピップを使用してPyMCを正常にインストールするにはいくつかのステップがありますか?

答えて

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私は同じ問題がありました。根本的な原因は分かりませんが、numpyをバージョン1.10.1にダウングレードして修正しました:pip install numpy==1.10.1

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ありがとうございました。これはすぐに私のために働かなかった。私はAnacondaでインストールを終了しました。 – curiousStudent

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pipやソースコードからpymcをインストールしようとしているときにもこの問題が発生しましたが、便利である。 問題が発生する理由は、ファイルsetup.pyである可能性があります。このファイルでは、コンパイル時にenvがチェックされます。私は非常に慎重にコードを読んでいませんでしたが、関数内でbuild_ext()私はコードがまずいくつかのコンパイル環境が既にOSにインストールされているかどうかをチェックすると思う。インストールされている場合、スクリプトはそれらをデフォルトとして使用します。そうでない場合は、他の場所でそれらを使用してください(コメントには 'from netlib sources'と表示されます)。

OSに既にインストールされているコンパイル環境が原因で問題が発生していると推測するので、ファイルsetup.pyを修正してこの部分をスキップし、スクリプトにnetlibソースを使用させます。それから私はsudo python setup.py installを実行します。いくつかのエラーメッセージと警告メッセージがありますが、フォルダ 'pymc'はPythonライブラリにあり、いくつかの簡単なテストコードが正常に実行されます。