BLAST結果の上位10個の配列を取得するBio Python

Question

BLAST結果の上位10個の配列（配列のみ、整列またはスコアまたはe-値など）を取得したい。 5つのfastaファイルを含むテキストファイルを入力しています。だから、私の出力は、各fastaファイルのトップ10の爆発的なヒットになるはずです。したがって、私の出力ファイルは50のシーケンスを持ちます。

blastp -db nr -query temp.faa -out out.faa -evalue 0.001 -gapopen 11 -gapextend 1 -matrix BLOSUM62 -remote -outfmt 2 

として、私は、Bio.SeqIOを通じてファイルFASTA私の入力のそれぞれを読んtemp.faaとしてそれを書いた後、サブプロセス介してラインBLASTをコマンドに渡しています

出力は、他の多くの情報を持っています。私は今この出力を解析すべきか、それとも良い方法があるのでしょうか？

おかげ

P.SのXMLは、方法かもしれないが、私はrelavant NCBIXMLパーサの構文を見つけられませんでした。 BIOSTAR StackExchange上

Answer 1

ソリューション：

http://biostar.stackexchange.com/questions/9880/getting-top-10-sequences-of-blast-results-bio-python

http://biostar.stackexchange.com/questions/9882/parsing-blast-output-biopython-error