手動で（またはdevtools :: test（）を使用して）実行したときに、すべてのテストが正常に実行されたときにR CMDチェックが失敗することがあります。R CMDチェックが失敗し、devtools :: test（）がうまく動作します
ブートパッケージを使用したブートストラップの結果を比較したいときなど、このような問題の1つにも遭遇しました。 私は、並列計算（ブートによって実行される）と乱数ジェネレータ（RNG）によって引き起こされる問題を探して、ウサギの穴に入った。
これらはすべて回答ではありませんでした。
最後に、問題は簡単でした。 私はbase :: sort（）を使って因子のレベルを作成しました。 （データが別の順序であっても、それらが常に整列するようにする）
問題は、デフォルトのソート方法がシステムのロケールによって異なることです。また、R CMD checkは私のインタラクティブセッションとは異なるロケールを使用します。
問題は次のとおりです。 Rは対話的に使用されています。LC_COLLATE = en_US.UTF-8; R CMDチェックが使用されました：LC_COLLATE = C;ベースの詳細は
::ソートこれは言及されています
Except for method ‘"radix"’, the sort order for character vectors
will depend on the collating sequence of the locale in use:
see ‘Comparison’. The sort order for factors is the order of their
levels (which is particularly appropriate for ordered factors).
私は今、基数ソート方法を指定することで、問題を解決しました。
今、すべて正常に動作します。