私のmatlabコード内では、特定の与えられた行列のコレスキー分解を扱わなければなりません。私は一般的にchol(A,'lower')に下部三角因子を生成するよう呼びかけています。コレスキー因子分解
私のコードをprofilerで確認すると、特に入力マトリックスのサイズが大きくなると、関数cholは本当に時間がかかります。
したがって、組み込みのchol機能に代わるものがあれば、私は知りたいと思います。
私はLAPACKライブラリを考えていて、つまりspptrfの機能を考えています。それはMATLABで利用可能ですか？
ヒントやサポートは何でも歓迎されています。
EDIT
は一例として、プロファイラは、この情報を取得：Coh_uサイズ(1395*1395)を有する
。また、私は4000異なる構成のためのコレスキー因子が必要であるので、cholが4000回と呼ばれることに注意してください。
使用しているMATLABのバージョンはわかりませんが、私はthis discussionを見つけました。旧バージョンでは、Cholesky Factorizationの記述が非常に遅いことが示唆されています。
答えの1つは、chol2の機能を持つCHOLMOD package or SuiteSparseを使用すると言われています。
私はMatlabの最新リリースを使用しています。したがって、 'CHOLMOD'は既に実装されているはずです。または私はそう思います！ – fpe
Coh_uの正しい式は
A）Coh_u = exp(-a.*sqrt((f(ii)/Uhub).^2 + (0.12/Lc).^2)).*(df.*psd(ii,1));
または
下B）
Coh_u = exp(-a.*dist*sqrt((f(ii)/Uhub).^2 + (0.12/Lc).^2)).*(df.*psd(ii,1));
の違い）としてであり、b）であることである場合は、確認することができますb）distが追加されており、これは2つの行列の間の距離である。YZ
dist = pdist2([Y(:) Z(:)],[Y(:) Z(:)]);
しかし、chol()機能では、 "Matrix not positive definite"エラーが発生します。
バックグラウンドMatlabは一般にBLAS、LAPACKなどの既製ライブラリの精度、精度、スピードが同等（広義にはスピーディー）な高品質数値ライブラリを使用しています。ライブラリ。それは可能性が高いですが、 '' chol'の実装でそのようなコードを使用していることを確認していません。私よりも優れたプログラマー（おそらくあなたよりは優れていないかもしれませんが）はMatlabの数値ルーチンの実装を（何らかの形で）より速く実装しようと努力しており、悲惨に失敗しました。 –
私は自分のコードのパフォーマンスを 'fortran'で書かれた' lppack 'spptrf'を使って別のものと比較しています。feelinfは 'spptrf'が' 'chol''よりも格段に速いということですが、あなたはいつも2つの異なる言語で同様のコードを比較する際には慎重である必要があります。 MATLAB内部で 'LAPACK'ライブラリと呼ばれる疑いがありますが、私はあまりよく分かりません。 – fpe