2016-05-20 9 views
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私はPythonを初めて使い、次のPythonスクリプトを通していくつかのファイルを実行したいと考えています。次のPythonスクリプトに引数を正しく与える方法

https://github.com/ashutoshkpandey/Variants_call/blob/master/Filter_Pindel_del_vcf.py

は、私はLinuxサーバ上で実行されていることだし、Pythonがインストールされています。私は2つの必要なファイル(Del.vcfとOutput_D)を持つディレクトリにスクリプトを保存しました。ここに私がコマンドラインで入力したものがありますが、何らかの理由でスクリプトがファイルを見つけることができません。

$ python Filter_Pindel_del_vcf.py Del.vcf, Output_D, Outputfile 

Traceback (most recent call last): 
    File "Filter_Pindel_del_vcf.py", line 45, in <module> 
    for row in fileinput.input([Filepath]): 
    File "/usr/lib64/python2.7/fileinput.py", line 253, in next 
    line = self.readline() 
    File "/usr/lib64/python2.7/fileinput.py", line 345, in readline 
    self._file = open(self._filename, self._mode) 
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'Del.vcf,' 

答えて

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だけでコンマを削除します。

python Filter_Pindel_del_vcf.py Del.vcf Output_D Outputfile 
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このスクリプトは、位置引数を使用しています。コンマを失うだけで大丈夫です。

$ python Filter_Pindel_del_vcf.py Del.vcf Output_D Outputfile 
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