ggnet2を使用してRの次数で色を塗ります。

Question

私はggnet2を使ってグラフをプロットしようとしています。これを行うには、次のコードを使用します。

library(igraph) 
lapply(c("sna", "intergraph", "GGally", "igraph", "network"), require, character.only=T) 
data <- read.table('CA-CondMat.txt',sep="\t",header=TRUE) 
g = graph.data.frame(data, directed = TRUE) 
N = vcount(g) 
E = ecount(g) 
perc = 0.1 
d.g = degree(g,mode='all')/N 
new_nodes = sample.int(N,ceiling(perc*N),replace=FALSE,prob =d.g) 
new_g = subgraph(g,new_nodes) 
dg = degree(g,mode='all') 
prob = dg/sum(dg) 
png('example_plot2.png') 
ggnet2(new_g, size = "degree", node.color = "steelblue", size.cut = 4, 
              edge.size = 1, edge.color="grey") 
dev.off() 

と完全に青色のグラフが表示されます。

私はパッケージigraphを使用しています。
https://snap.stanford.edu/data/ca-CondMat.html

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は私がプロットにしたいことは、このような自分の度合いに基づいてノードの色のグラフです。

完全な例が追加されました

Answer 1

私は挑戦しており、グラフは常にfuですn。私はこれがあなたの望むものだと思っています。（後で私がそれに取り組んでいたときにあなたが提供したファイルを使用するように私のオリジナルを修正しました）：

私のコードではclr-degreeは半分の学位です。それは黒と緑のノードなしではかなり退屈に見えました。

ライブラリのプレフィックスをすべての呼び出しに追加して、どのネットワークライブラリ（igraph、ネットワークなど）から何が使用されているのかを確認できました。これらのライブラリには、多くの重複や相互依存関係があります。

このコードは、blackに0-1にclr-degreeをマップred程度2、​​程度3、およびredへ>=4必要があります。注：

library(ggplot2) 
library(igraph) 
library(GGally) 

# the following libraries will be required too - used internally 
lapply(c("sna", "scales","intergraph", "network"),require, character.only=T) 

set.seed(1234) 

# data from https://snap.stanford.edu/data/ca-CondMat.html 
data <- read.table('CA-CondMat.txt',sep="") 

g = igraph::graph.data.frame(data, directed = TRUE) 
N = vcount(g) 
E = ecount(g) 
d.g = igraph::degree(g,mode='all')/N 

# Use new smaller subgraph 
perc = 0.05 
new_nodes = sample.int(N,ceiling(perc*N),replace=FALSE,prob =d.g) 
new_g = igraph::subgraph(g,new_nodes) 
dg = igraph::degree(new_g,mode='all') 

dg <- dg/2 # for some reason there are only even degrees in this file - so we divide by 2 

clrvek = pmax(0,pmin(dg,4)) 
clrnames = c("0"="lightgrey","1"="black", "2"="blue", "3"="green", "4"="red") 

#png('example_plot2.png') 
GGally::ggnet2(new_g, 
     color.legend="clr-degree",palette=clrnames,color=clrvek, 
     size = "degree", 
     edge.size = 1, edge.color="grey", 
     legend.position = "bottom") + coord_equal() 
#dev.off() 

に降伏：あなたがする必要がある