bashのエラーソートの「並べ替え：標準出力：失敗を書く壊れたパイプ」私はこのスクリプトを実行すると、私はとのエラーメッセージ受け取る

Question

：「：書き込みに失敗しました：ソートを標準出力：壊れたパイプ」

誰かが可能であればをこのエラーで狂ってしまいます。

入力ファイルはすべてFASTA形式のDNA配列を含むファイルのリストなので、各ファイルには複数のシーケンス（各シーケンスは1行に収められています） $ 2,3（DNA配列）の$ 1（識別子）$ 2,3,4,5,6,7 &の8（多くの値）

次に、このシーケンスを各ファイルのシーケンス数（$ common_hits）で選択します（この数値は修正値ではありませんが、例として6を設定します） - 6シーケンス未満のすべてのファイルを削除する必要があります - 6つのシーケンスを持つファイルはOK - 6つ以上のシーケンスを持つファイルを6つのシーケンスに縮小する必要があります（これらのシーケンスはフィールド$ 5のより高い値によって選択されます）

出力ファイルはすべて6つのシーケンスとシーケンス（フィールド$ 9）は識別子の後の行にある必要があります

私はそれが動作することを確認したいので、今は6シーケンス以上のオリジナルファイルを削除していません

par_list=`ls -1 *BR` 

common_hits="6" 

for i in ${par_list} 

do 

    if [ "`cat ${i} | wc -l`" -lt "${common_hits}" ] 
    then 
     rm -f ${i} 
    elif [ "`cat ${i} | wc -l`" -gt "${common_hits}" ] 
    then 
     cat ${i} | sort -nr -k 5 | head -n ${common_hits} | \ 
     awk '{print $1" " $2" " $3" " $4" " $5" " $6" " $7"   "$8 ; print $9}' > ${i}.ph 
    fi 

done 

Answer 1

sort | headhead終了する（あるいはそのSTDINを閉じた）場合は、常にはsort前に、エラーを報告しsortによって書かれたストリームがはるかに長いことが消費よりもあれば、場合のように（そのすべての出力を書いていますby head）。これは設計によるものです。sortがすべての出力を書き込むことができない場合は、失敗することが予想されます。このような失敗を無視すると、他の理由（ディスクがいっぱい、ネットワーク接続が壊れているなど）で出力を書き込めない場合も無視されます。

これについては何もありません。エラーについて、無視し、パイプラインからの出力行数を確認して、エラー状態かどうかを判断してください。