配列からの編集距離の割合

Question

シーケンスのグループから編集距離のパーセンテージを取得しようとしています。今のところ、これは私が持っているものです。

#!/usr/bin/perl -w 
use strict; 
use Text::Levenshtein qw(distance); 

my @sequence = qw(CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------ 
CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------ 
CA--------S-------------------SLVFGQGDNIQY---F------ 
RA--------S-------------------SLIYSP----LH---F------); 


foreach my $list (@sequence){ 
    my @distance = distance($list, @sequence); 
    my @length = $list =~ tr/[A-Z]///; 
} 

私は@lengthとの手紙をもとに、@distanceおよび各シーケンスの長さに編集距離を取得することができています。印刷された場合には結果は以下の通りである：2つの行を比較するとき

@distance

0 0 13 14 
0 0 13 14 
13 13 0 11 
14 14 11 0 

@length

13 
13 
16 
12 

@lengthの各行は@sequenceの各行に相当するように、私がしたいですパーセンテージを得るには最大の@lengthを使用してください。したがって、2番目と3番目のシーケンスの間に編集距離がある場合は、パーセンテージを得るために13ではなく16の長さを使用します。私が考えているのは、@length配列の2つの要素だけを呼び出し、大きい方を選んでパーセンテージに入れて、おそらくifステートメントを使用することです。

私はこのコードが間違っている知っているが、それは一般的に私はつもりだアイデアです：

foreach my $list (@sequence){ 
     my @distance = distance($list, @sequence);  
     my @length = $list =~ tr/[A-Z]//;    #/syntax hilite fix 

     foreach my $item(@distance){ 
       foreach @length { 
         my $num1 = if $length[0] >= $length[1]; 
           print "$item/$num1\n"; 
         else my $num2 = $length[1] >= $length[0]; 
           print "$item/$num2\n"; 
       } 
     } 
} 

答えは下のものと同様になっているはずです。

 
0 0 .8125 1.0769 
0 0 .8125 1.0769 
.8125 .8125 0 .6875 
1.0769 1.0769 .6875 0 

Answer 1

はこれを試してみてください。要約すると： 文字列のペアの編集距離を計算します。各ペアについて、距離の割合と最大文字数（A-Z）を決定したいと考えています。ペアの2つの項目の最大文字数が最大となります。

use strict; 
use warnings; 

use Text::Levenshtein qw(distance); 

my @sequence = qw(
     CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------ 
     CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------ 
     CA--------S-------------------SLVFGQGDNIQY---F------ 
     RA--------S-------------------SLIYSP----LH---F------ 
); 

my @length = map { tr/[A-Z]// } @sequence; 

for my $i (0..$#sequence) { 
    my $list = $sequence[$i]; 
    my @distance = distance($list, @sequence); 
    my $num1 = $length[$i]; 
    for my $j (0..$#distance) { 
     my $item = $distance[$j]; 
     my $num2 = $length[$j]; 
     my $num = ($num2 > $num1) ? $num2 : $num1; 
     printf "%.4f ", $item/$num; 
    } 
    print "\n"; 
} 

出力：

0.0000 0.0000 0.8125 1.0769 
0.0000 0.0000 0.8125 1.0769 
0.8125 0.8125 0.0000 0.6875 
1.0769 1.0769 0.6875 0.0000